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开发区的创新成果不仅起到了促进开发区更为迅速发展的作用，同时更展示开发区管理体制和运行机制的先进性。重点创新项目主要有：
海关监管——开发区为保证国际跨国公司生产需要而建立起独特海关监管模式。改变原有的纸制手册管理模式，变为通过计算机处理分析系统对整个园区进行电子化、信息化监管，适应出口企业“零库存”的管理和竞争要求。
国家工业节水示范园区——国内第一个“国家工业节水示范园区”；一批“国家工业节水示范工程”和涉及北京开发区全面节水的“博大计划”已经启动；北京经济技术开发区正在开始全面建设“节水型社会”；与之相结合的凉水河改造工程也已经启动，京南的一道重要水上景观不久将建成。这些工程是北京“绿色奥运”的重要组成部分。
国有土地资本运营——北京开发区是国土资源部国有土地资本运营的试点，开发区提出“决定土地价值的不是土地价格”的原则，进行土地资本运营，在已经出让的307公顷工业用地中，每公顷投资密度为1180万美元，最高的达到4880万美元。已经投产的企业用地面积为214公顷，按照已经投产企业的用地面积计算，每公顷工业用地创造工业总产值1.98亿人民币，实现税收913万元人民币。土地创造出了更高的价值。
环境质量管理体系ISO14001示范区——北京经济技术开发区2001年通过了环境质量管理体系IS014001认证，目前正在进行IS01400l示范区的建设。
北京首个无违法建设区——2002年北京表彰了33个无违法建设地区，其中包括街道、大院、住宅小区等，北京经济技术开发区是其中面积最大的，并且是唯一以“区”的概念名列其中的。
绿化带试点工程——北京开发区利用“以绿养绿”的原则开展绿化带试点工程，目前已经取得良好效果，不仅保证了绿化，而且还建成了精品绿化，目前北京开发区的国内乃至世界第一家国际企业文化公园就是这个工程极具特色的项目。
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