河南省南阳市淅川县丹江口水库作为南水北调中线工程的水源渠首地，它的生态环境主要取决于两个方面，一是污染问题，二是水土流失问题。国家农业部环境监测站的监测数据表明，目前我国农业废弃物、农药、农膜、化肥和人畜粪便等污染物对土壤、地表水、地下水造成的污染日趋严重。农业污染具有隐蔽性、潜在性、广泛性和兼容性(农业生产必用化肥，而用化肥势必造成污染)等特点，治理起来较为困难。因此，为确保丹江库区良好的生态环境和丹江水质的清洁纯净，南阳市把治理农业污染作为治污的重点工作和切入点，有计划
有步骤地加大环境治理力度，先后制订实施了“南阳市小流域综合治理规划”、“丹江口库区水源生态环境保护条例”、“退耕还林实施方案”等地方政策法规，以保证治理工作的顺利实施。
对丹江口水库区域的环境保护，主要是防止水土流失。南阳市林业部门沿库区7.5公里以内和主要河道建造生态防护林85万亩。南阳淅川县作为丹江口库区所在地，通过植树种草，封山育林，使全县新增林地面积56.5万亩，森林覆盖率由原来的不足15.1%增加到30%。南阳市政府最近决定，三年内消灭南水北调中线工程南阳水源地的荒山秃岭，十年内使水源区森林覆盖率由现在的30%提高到40%以上。
南阳市农业部门首先重点解决农业污染的问题。通过调整农村产业结构改善生态结构，从根本上改变丹江口库区的环境状况，进而促进地方经济、社会、环境的持续协调发展。首先实行无公害生产，走有机农业之路。在农业生产中，严格执行《农药管理条例》的各项规定，严禁使用剧毒、高残留农药或国家明令禁止使用的农药。其次是发展沼气，利用沼气池将农业废弃物和人畜粪便发酵后，产生的沼气可用于炊事、取暖、照明，沼渣和沼液可作为优质有机肥。
在治理农业污染的基础上建设生态农业。近两年，南阳市加强了生态工程建设，初步形成了中药材、畜牧、林果、蔬菜等一批特色产业。小辣椒面积达146万亩，是全国最大的小辣椒生产基地，山茱萸、辛夷等中药材面积达120万亩，产量分别占全国的70%和80%。大枣、蔬菜、小辣椒、香菇等无公害产品俏销全国。
对南阳境内185公里长的引水干渠的环境保护，则是要建生态型防护经济林开发带。在干渠两侧各设置100米宽的保护林带，同时围绕保护林带，建设高标准的林果基地，调整种植业结构，扩大经济作物面积，建设高效科技示范园区，形成绿色走廊，集观光旅游为一体。
“建设绿色南阳，确保一湖清水。”南阳市所做的种种努力，都是要将使流域区建设成为南水北调水源的净水器，给首都北京及沿线广大群众送去优质水，送去放心水。
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