对中国的探月计划，也有人发表了不同意见，其中至少包括两位著名的中科院院士：流体力学专家胡文瑞和理论物理学家、“反伪斗士”何祚庥。前者在记者的采访提纲上，在“探月是中国航天的第三个里程碑”处打上了一个大大的问号；后者在电话中首先告诫：“务虚名而得实祸”。

　　“在我国载人航天技术获得突破后，空间项目要更注重科学的先进性和实用性。”胡文瑞说。他认为探月计划的目标不宜定位为月球资源开发，“做产业首先要考虑成本，现在地面上的氘和氚资源就很丰富，电解后就可以使用，如果说裂变反应时中子通量高的话，还可以屏蔽，到月球上开发氦-3缺乏可行性论证。”

　　“我不反对我国近几年发射一个月球探测器，”胡文瑞说，“这是考虑到我国航天技术以前进行的都是近地活动，没有涉及更远的空间。因此，发射月球探测器，与其说是科学探索，不如说是航天技术上的一项实验———深空探测的前奏。它在科学上不一定很先进，但在航天技术上又前进了一步。”

　　“但我国近期月球探测难有重大科学突破。三维成像、元素分布，这些研究别人早就在做了，如果以科学探测为目标的话，必须说明这项研究的先进性，在什么指标上能领先，否则就是重复别人的工作。如果我们要赶超这一领域的先进者，必须突出重点。”

　　“月球探测的必要性应该纳入国家的空间科学，乃至整体科学规划进行统筹考虑，”胡文瑞强调说，“空间项目投资巨大，这笔钱要是投偏了就是巨大的浪费。作为发展中国家，我们必须考虑它对科学和技术发展的实际效益。”

　　“基础研究只有第一，没有第二。”何祚庥在接受记者采访时则引用了丁肇中的名言。他随后解释说，“因为第一是创新，第二是重复。目前的探月计划我认为目的不明确，要做这件事，一定要回答为什么，前人是什么水平？你的方案有什么创新？中国想从中得到什么？”

　　“对基础研究投资我当然不反对，”何祚庥补充说，“为了验证前人说的对与错，在花少量钱、实验方法上有所突破的情况下，这种重复也是有意义的，但花太多钱就不值得了。如果说下一步是登月，我坚决反对，至少目前不宜考虑。（南方）