据日本《每日新闻》报道，台湾“国家安全会议”1月份流出列为“机密”的文件。报道指称，去年8月时曾向台“总统府秘书长”丘义仁提出一份名为“公民投票对‘国家’安全影响”报告书，报告内容提及“公投”确会刺激大陆，如果大陆反弹的话，对陈水扁当选的情势有利，但另一方面也有可能造成从美国等国际社会来的负面影响。
“国安会”的报告书指出，“为消除公投带来的负面影响，宣传活动极为重要”，所
以为实践此建议，陈水扁从2月起，相继接受5家岛外媒体的专访，想透过媒体来寻求理解。《每日新闻》以“舍命的连任战术”为题，提到这份有关“公投”的报告书有53页，上印有“机密”两字。
报道指出，当记者询问“国安会咨询委员”林文程有关此报告时，林文程表示，他确有参与制作报告，而之后的发展大多与报告预测相符合。报道也引述台当局“国策顾问”方仁惠的话指出，美国方面会那样地反弹，“总统府”谁也没料想到。
报道引用“国安会秘书长”江春男的话表示，“公投”的问题发表以前，是对美关系最艰难的时刻，如何能够减少摩擦，内部就此慎重讨论了约两个星期，内容公布才会延迟。
不过，台“总统府秘书长”丘义仁昨晚表示此说是“胡扯”。他并提出三项澄清说明：一、去年8月他已离开“国安会”，“国安会”在程序上根本不会向他提出机密报告，他也没看过所谓的“公投”机密报告。二、“国安会”即使研判“公投”情势，也不太可能会针对选情进行精细评估。“国安会”报告出现“公投将刺激大陆但对陈水扁选情有利”等说法有点离谱。三、陈水扁近来密集接受岛外媒体访问，更与该报道指称的“公投”机密报告完全无关。
