据《人民日报》3月30日报道，2003年12月29日，山西晋城市审计局原局长杨林林来人民日报上访。这位优秀审计局长“因为一次正常的领导干部任期经济责任审计得罪了人”，所以遭遇落选。杨林林的落选反映出我国现行政府审计制度的缺陷，那就是从体制上确保审计的独立性。
我国现行的政府审计管理体制是“双轨制”。业务上属于行业垂直管理，人事制度和
领导干部的任用及经费来源则是地方政府和地方财政负责安排。
地方审计机关虽然不审计当地政府，只对同级部门进行审计，但是在“同级审”中发现的重大决策失误和投资损失，往往与当地政府有着千丝万缕的联系。所以这种管理体制带有浓厚的地方性、区域性和地方长官意志性的色彩，削弱了审计执法监督的力度，使审计机关的独立性、客观性和公正性受到一定的影响。
地方审计机关必然面临着两难，一方面必须履行职责，提高成绩，对尽可能多的审计对象进行审计，另一方面又很容易“得罪”当地政府以及相关领导人员。例如杨林林的遭遇就是因为拒绝政治交易，而“得罪”某些领导人员。
在这种情况下，如果一味要求地方审计机关履行职责，或者强调审计人员的伦理，是强人所难，而且效果不可能会好的。我认为，应该从制度创新方面入手，防止审计机关受制于“地方化”因素的制约。
一个共识就是将审计机关隶属于人大，就像世界上多数国家的政府审计机关隶属于议会那样，直接向人大负责并报告工作，审计经费单独列入国家预算，审计长由人大任免。
这样政府审计机构只有与政府机构完全分离，直接对全国人大和地方各级人大负责，才能保证其组织上、工作上、经济上和人事上的独立性，还可以从根本上解决审计同级财政遇到的难题。
还有的观点走得更远，认为应将审计机构从政府中分离出来，但不隶属于人大，形成独立于立法、行政之外的机构。我认为，政府审计的体制创新若要超越我国的《宪法》是不现实的，而且没有先例，这是一种没有可靠依据的观点，我不赞同。
切实可行的办法是在现有体制基础上，将政府审计的“双轨制”变为“单轨制”，实行二级垂直模式。审计长规格升高以便更好地实施财政预算监督。审计署对各省、自治区和直辖市审计机关实行垂直领导，从审计经费到人事安排均独立，这是第一级垂直模式；县级以上审计机关向省级审计机关负责，实行省级审计厅长负责制，是谓第二级垂直模式。第二级垂直模式内的人事和审计经费也完全独立，不受地方政府控制。此外，应扩大地方审计机关的审计授权范围，或者下放对驻地中央直属机关和企业单位的审计权，以免出现审计监督的真空地带。韩因（湖北职员）（来源：新京报）
