2002年8月10日，台湾原住民女“立法委员”高金素梅陪同二战期间被日本强征的“高砂义勇队”死者家属代表，到日本东京靖国神社送交要求书，要求将其先人灵位撤出该神社。
有“高砂义勇队”遗族指出，先人的灵位与引发战争的日本军国主义者灵位一同供奉祭祀，是对祖先极大的侮辱，遂要求将原住民先人灵位迁出靖国神社。
靖国神社中祭祀有约28000名台湾人的灵位。事实上，早在1979年，台湾遗族代表便向靖国神社要求把先人灵位撤出，但遭到拒绝。
2003年2月17日，中国、日本和韩国的236名原告以侵害了原告的民族人格权及违反了日本宪法为由，向大阪地方法院提出诉讼，要求小泉赔偿精神损害费。
日本的原告认为小泉参拜靖国神社违背了日本宪法。中国台湾的阵亡者遗属则认为，小泉将加害者和被害者的灵魂放在一起祭奠，是对台湾受害者的最大愚弄，这侵害了民族人格权和宗教自主决定权。他们表示，再也不能让祖先的灵魂流落在异国他乡。
2004年4月7日，日本福冈地方法院在开庭审理了日本九州等地211名战殁者遗属和宗教界人士组成的原告团的起诉。原告指控小泉参拜靖国神社违反日本宪法。法院最后宣判小泉首相参拜靖国神社行为违反宪法。
2004年5月13日，日本大阪地方法院驳回了236名中国台湾原住民状告小泉纯一郎参拜靖国神社违反宪法诉讼请求。
链接：高砂义勇军
中国台湾籍日本兵当中还有一种称为“高砂义勇队”的台湾原住民战士。他们前后共分成7期，每期平均人数约500名。
当时台湾原住民(少数民族)青年踊跃参战的盛况不亚于平地人，1943年的志愿兵登记，台湾全省共有60万人报名，其中原住民多达1.3万名。
第一期高砂义勇队在1941年底征募时，是以军属的身份投入吕宋作战，原本只负责军需品的运输工作。
不过日本军在吕宋战线时因为作战环境的需求，因此将在山地与丛林中活动力强的高砂义勇队赋予正规军人的作战任务，日军在菲律宾巴丹战役与柯里基多要塞攻坚战的胜利，“高砂义勇队”做出了相当的“贡献”。
台湾学者孙大川指出，真正划入“高砂义勇队”的原住民士兵，大约有4000多人，但若包括相关梯次，被迫参与战争的原住民应在8000人以上，可能只有不到十分之一的人生还。
但也有研究认为，被日军强征组成“义勇队”的原住民共约3万多人，远赴南洋作战后，两万多人战死，剩下的三分之一回到台湾，非伤即残。
