前一时期，由于农村水电建设管理职能削弱，部分地区出现了无序开发，不按程序报批，无立项、无设计、无验收、无管理的“四无”水电站增多，水利部多次要求进行了清查，全国清查出“四无”水电站3000多座。
存在的主要问题有：
(一)跑马“圈河”，滥占资源。一些开发商纯粹是为了抢占资源先机，圈河、圈水拿到开发权后，只象征性做一点投资，待价而沽，占而不开。一些投资者由于实力不济，融资困难，后续资金跟不上，造成半拉子工程。
(二)无序开发，浪费资源情况严重。一是由于一些较小的河流缺少规划，开发商则随意开发。二是一些开发商为了提高自己所投资电站的效益，不按规划建设，规划的是低坝，他改成高坝来提高调蓄能力，规划的是高坝，具有灌溉、供水等综合效益，他改成低坝以节省投资，缩短工期。三是无设计或者有设计不按设计建设，随意更改，不兼顾梯级开发，造成了梯级之间的纠纷，一些地方甚至引起群众性纠纷、械斗和集体上访等问题，破坏正常的工作秩序，影响当地社会的安定和稳定。
(三)工程质量低劣，不经验收和安全鉴定就投入运行，缺乏管理经验，威胁防洪安全，酿成多起事故，给国家和人民群众生命财产造成重大损失。
无序开发是怎样造成的呢？
一是政策制定滞后，缺乏适应新形势的统一的农村水电管理政策，农村水电开发难以规范化、法制化，人为的随意性很大。比如目前很多地区还没有完善的农村水电资源出让等方面的政策，导致圈河、圈水现象有增无减。
二是部分地区的地方政府急功近利，为了招商引资往往默许投资商不按基本建设程序报批。一些地方政府为了招商引资出台了一些优惠政策，很多政策本身就不合法，往往允许投资商先开工后报批，甚至不报批。
三是现在许多中小流域的开发并不是通过公平竞争和透明拍卖、招标的方式来开发，而是凭关系、勾结和暗箱操作来配置资源。因此，要实现水电开发的有序化，必须逐步推行水能资源开发权的市场化配置，通过招标、拍卖等方式，实行水能资源开发权有偿转让，吸引优质资本，防止腐败。
四是河流规划滞后，造成无序开发。一种情况是整条河流，尤其是一些支流根本没有规划，或者是某一段没有规划。再一种情况是当初的规划十分粗浅，难以适应目前开发形势。第三种情况是当初的规划没有坚持科学的发展观，或者是技术上的原因，难以适应目前优化发展的需要。造成河流规划滞后的主要原因是缺乏对河流规划等基础性工作的直接投入，投资商不可能去做河流的规划，只去做电站的可行性研究报告或初步设计，导致开发过程中无章可循，随意开发，造成资源的浪费和梯级之间的纠纷。
五是由于机构改革造成了职能削弱，想管无力管。1998年的机构改革造成了农村水电管理职能和机构的削弱，在目前大量电站建设的情况下，想管无力管。
六是部分地区的地方政府存在一种该不该管的疑虑和怎么管的困惑。在计划经济时期，农村水电由政府投资，对项目是全方位的管理。而在当前行政审批制度改革的形势下，很多地方水行政部门管理人员存在这样的疑虑，现在国家又不投钱，到底要不要管，管细了怕影响了投资环境，对哪些必须要管，哪些可以不管存在困惑，在这种疑虑和困惑中就放松了管理，造成了无序开发。同时由于农村水电投资主体的空前多元化，部分地区管理部门没有从计划经济下那种既审批又建设的角色中转变过来，在缺少了资金制约手段的情况下，不知道该怎样去管。 陕西省水利厅 夏建军
另类西部大开发：“圈河运动”
