在加快启动和论证政治体制改革的同时，邓小平明确提出反对自由化，中国政治体制改革要走自己的路。1986年9月28日，邓小平在党的十二届六中全会上的讲话中指出：“反对资产阶级自由化，我讲得最多，而且我最坚持。”12月30日，邓小平在同几位中央负责同志的谈话中指出：“反对资产阶级自由化至少要搞二十年，民主只能逐步地发展，不能搬用西方的那一套，要搬那一套，非乱不可。”“如果搞得乱七八糟、一盘散沙，那还有什么希望？过去帝国主义欺侮我们，还不是因为我们是一盘散沙。”走自己的路，建设有中国特色的社
会主义，中国才有希望。”
1987年1月20日，邓小平在会见津巴布韦总理时，指出：“最近我们这里发生了一些事情，一是学生闹事，二是党的总书记更换。这两件事是有联系的，我们已经作了处理。为什么学生会闹事，根本上是反映了我们领导上的软弱。我们讲坚持四项基本原则，就需要经常用四项基本原则教育人民。这几年来，一直存在着资产阶级自由化思潮，但反对不力。尽管我多次强调要注意这个问题，可是在实际工作中我们党的领导不力。这是胡耀邦同志的重大失误。所以党中央接受了他提出的辞去总书记职务的请求。学生闹事和总书记更换都不是小事。但我们党有足够的能力处理这些事情。我们对胡耀邦同志问题的处理是合情合理的，可以说是处理得非常温和，问题解决得也很顺利。”
1987年10月25日至11月1日，中国共产党召开了第十三次全国代表大会，邓小平当选为中央军委主席。自1978年12月十一届三中全会以来，邓小平同志以马克思主义的理论勇气、求实精神，在拨乱反正的基础上，在一系列关键问题的决策中，在建设、改革、开放新局面的开拓中，把马列主义、毛泽东思想与中国实际相结合，逐步形成了建设有中国特色社会主义的理论。党的十三大对此进行了比较系统的阐述和总结。9年来，我国在经济、政治、思想、文化、国防、外交等各个领域取得了显著的成就，其中经济建设成就尤为突出。1986年同1978年相比，国民生产总值、工农业总产值、国家财政收入和城乡居民平均收入水平都大体翻了一番。过去9年成为建国以来经济发展生机最旺盛、国力增长最迅速、人民生活得到改善最多的时期。
1988年9月5日，邓小平会见来访的捷克斯洛伐克总统胡萨克，提出了一个著名的科学论断：“科学技术是第一生产力”。他说：“马克思说过，科学技术是生产力，事实证明这句话讲得很对。依我看，科学技术是第一生产力。”邓小平历来提倡“尊重知识，尊重人才。”这一年，著名数学家陈景润患病住院，邓小平亲自为他解决了亲属的北京户口问题。陈景润的妻子感激地说：“没有他老人家，就没有景润以后的安定生活，就没有我们这个家。”
邓小平积极倡导建立国际政治经济新秩序。1988年12月21日，邓小平在会见来访的印度总理拉吉夫·甘地时，指出：“中印两国对人类有一个共同的责任，就是利用现在有利的和平国际环境来发展自己。为什么这样说呢？因为中印两国共有18亿人口，占世界人口三分之一以上。”“世界上现在有两件事情要同时做，一个是建立国际政治新秩序，一个是建立国际经济新秩序。关于国际经济新秩序，早在1974年我在联合国发言时，就用了很长时间讲这个问题。———至于国际政治新秩序，我认为，中印两国共同倡导的和平共处五项原则是最经得住考验的。这些原则的创造者是周恩来总理和尼赫鲁总理。这五项原则非常明确，干净利落，清清楚楚。我们应当用和平共处五项原则作为指导国际关系的准则。”
