经过几年的探索实践，各地非公有制企业党建工作有了新的进展，并积累了一些新鲜经验，党组织在企业中的地位和作用日益凸现。但目前在非公有制企业党建工作中还存在着一些亟待解决的问题：一是党组织覆盖面小。大多数非公有制企业中没有建立党组织。截至2002年底，全国仅有约3％的私营企业和外商投资企业建立了党组织，绝大多数非公有制企业不具备建立党组织的条件。二是党员数量少，力量比较薄弱。截至2002年底，非公有制经济组织中共有党员212.6万名，仅占从业人员的2％左右，80％以上的私营企业和外商投资企业中
没有党员。三是党组织发挥作用不明显，党员的先进性没有得到充分体现。一些党组织没有履行好职责，不能发挥党组织的作用，存在着有组织无活动、有活动无效果的情况。
从调查情况看，影响和制约非公有制企业党建工作的主要因素有：一是由于企业产权的私有化和快捷高效的运行机制，使党组织活动的自主性受到限制，发挥作用的方法和途径亟待创新。在非公有制企业中，企业主与党组织负责人、党员之间是一种雇佣与被雇佣的关系，党组织的活动要与企业主沟通、交涉，往往受制于企业主的认可和支持程度。另外，非公有制企业的运作节奏快、效率高，党组织活动时间难以把握。二是受淡化政治倾向的影响，党组织的凝聚力、向心力面临挑战。从从业人员的心理状态来看，大多数人不同程度地存在经济观念强、政治观念弱；雇佣意识浓，主人意识淡；短期行为多，长期行为少，政治热情不高等倾向。从党员的心理状态来看，主要存在“临时”、“怕吃亏”、“埋怨”、“无奈”和“求稳”的心理，致使党员在非公有制企业中发挥作用受到制约。三是多种价值取向的客观存在，致使一些非公企业党务干部队伍不稳，整体素质不高，党建工作的整体水平和效果受到影响。从调查情况看，一些非公企业党务干部文化程度偏低、年龄偏大，部分党务干部难以适应新形势的要求。四是相当一部分企业主认识上存在着误区。对党组织开展工作支持不够，党建工作的物质条件难以保证。一些非公企业存在“五怕”：怕监督制约、怕影响威信、怕影响生产、怕外界干扰、怕政治连累。在合资企业中，有的企业主怕政治涉嫌，有的人虽然同意建立党组织，但对党的活动不支持。在私营企业中，有的企业主对政治不关心，无法接受在其企业中建立党组织。
