2、工程层层转包：腐败产生的关键环节
我国现行的招投标管理体制，对招投标活动的行政监管由多个部门负责。这种多部门管理的格局，虽然有利于发挥各有关部门在专业管理方面的优势，同时也造成了多头管理难
以避免的弊端，使建设工程招投标各自为政、部门分割问题突出，形成行业垄断。这在客观上为领导干部插手分散自主管理的专业工程项目提供了机会。
3、绝对权力缺乏必要的制约
我国现行的交通投资体制是在交通系统内部封闭运行，采用投资、建设、管理、运营“四位一体”的管理模式。一切规费资金由交通部门自行征收使用，对外融资实行统贷统还，独立设置项目法人，再加上不受制衡的招投标市场，导致政府权力部门化，部门权力个人化，个人权力绝对化。
4、管理机制政企混合
在资金运行，材料运行程序上也暴露出内部管理机制上的问题。有的领导部门和下面企业分不清，如政府部门的主要负责人兼任企业的董事长，虽然是个别现象，而且现在这种现象少多了，但还没有完全杜绝。
5、用人机制问题
腐败现象暴露出来我们的用人机制有问题，干部任用、考察，包括上任以后的监督，控制、教育。我们党的用人制度没有问题，但我们对领导的选拔、考核、任用、管理、监督、教育机制等有问题。现在对一把手的监督，更多是靠自觉。现在管理权力过于集中，领导干部面临的腐蚀诱惑大，现在施工量和施工单位的矛盾是突出的，加上交通建设中利润空间大，这部分资金(主要是国家资金和贷款)赚钱后大部分可以如期到位，这也是对干部不利因素。
6、监督真空
由于体制上的原因，驻部纪检组在监督过程中也有很多具体问题和实际困难。如:地方的交通厅长按照干部管理权限，应该由地方党委和纪委管。交通部门不是垂直领导是业务归属指导的关系，因此很多情况下监督作用不能得到有效发挥。但从全行业上，交通部又有不可推卸的责任，我们有作为行业主管监管的责任，也有对普遍出现问题，调查研究，提出改正意见的责任。
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