1900年（光绪二十六年），农历八月初，八国联军入侵南海子。日军首先闯进团河行宫，抢走大量珍宝、玉器、古画、古籍，不能搬走的就砸烂、敲碎。俄军闻讯赶来，进行第二次洗劫，除搜罗剩下的珠宝玉器外，把团河宫南墙外麋鹿和其它圈养的驯鹿全部掠走、杀吃。至此，珍稀动物麋鹿在中国境内全部灭绝。
1937年7月，南苑成为抗日前哨战场。7月11日，驻黄土坡日军开始向南苑守军进攻，
被击退。7月14日，一队日军骑兵到团河侦察，被二十九军击退。7月25日，二十九军军长宋哲元命在河间驻防的一三二师师长赵登禹增援南苑。赵登禹率一个团于27日拂晓赶至团河，下午1时许，日军轰炸机在团河上空投下炸弹。同时，从黄村、魏善庄下火车的日军第二十师团河边旅团千余人向团河行宫发起进攻。激战至傍晚，赵率部撤至南苑。后南苑失守，佟麟阁、赵登禹相继殉国。
1948年，国民党军队拆毁团河行宫内残存的宫殿，把砖石运走，修建机场周围的碉堡。1968年，修建团河路、京开路，均取土山之土，团河村平整北部河套地，也取土于此，故大部土山夷为平地，山上古松、古柏均遭破坏。
1970年3月，大兴县“革委会”在黄村建万人露天会场，需要砖石，拆毁云随亭、船坞的条石、麒麟抱鼓石、一处钓鱼台。
目前，团河行宫内只有御碑亭、翠润轩等少数几所建筑保存下来。东湖小岛上的“翠润轩”，是供皇帝和后妃们玩乐的地方，又名“敞亭”，大的梁柱都没换过，只是去年把顶子换了。据说因为“文革”时把这里当过牛棚，所以才侥幸得以保留。当年团河行宫修建时，乾隆下圣旨要求把江南美景融入行宫之内，但宫内及土山之上仍要遍植柏树，以显示皇家园林的气派。如今，行宫的建筑多已不存，但留存下来的一百多株古柏，至今已存活了二百多年，依旧郁郁葱葱。
