方案将非典、人禽流感等呼吸道传染病的发生划分为“特别严重事件”、“严重事件”和“一般事件”三级预警级别。
特别严重事件是指非典、人禽流感疫情波及两个及两个以上省份，并有进一步扩散趋势；严重事件是指发生非典、人禽流感续发病例，或疫情波及两个及两个以上地（市）；一般事件是指发生非典、人禽流感病例，或一周内在一个县（区）域内流感发病水平超过前5年同期平
均发病水平一倍以上。一般事件发生后，发生地卫生部门逐级对疫情确认，上报至卫生部；卫生部立即向国务院报告，同时组织专家到现场进一步判定，通报世界卫生组织及港澳台地区；未发生疫情地区卫生部门实行疫情零报告制度和24小时值班制度。
严重事件发生后，发生地省级卫生部门专家对非典或人禽流感疫情进行评估。必要时，提请省级人民政府成立省应急处理指挥部，启动省级预案，向社会发布本行政区域内疫情信息；卫生部应组织国家应急卫生救治队伍和有关专家迅速赶赴现场，进行现场指导并直接参与疫情调查和处理，通报世界卫生组织及港澳台地区。特别严重事件发生后，卫生部应在必要时向国务院提出成立全国应急指挥部的建议；调集全国的医疗卫生资源参与疫情控制；及时向国务院、各地卫生行政部门以及军队有关部门通报疫情信息，向世界卫生组织和港、澳、台地区通报有关情况；向社会及时、准确、全面发布疫情信息。
各省首发病例由国家实验室确认
方案要求，国家、省、市（地）、县（区）卫生行政部门分别成立非典、人禽流感和不明原因肺炎专家诊断小组。省级卫生行政部门在接到省内首例疑似非典和疑似人禽流感病例报告后，应于12小时内派出省级专家组进行判定，卫生部在接到各省首例疑似非典和疑似人禽流感病例报告后，应于24小时内派出国家级专家组进行判定。
各省首例疑似或确诊非典病例、所有疑似或确诊人禽流感病例，由国家级专家组进行诊断、判定，其标本由国家参比实验室复核、确认。
非典、禽流感实验室必须是P3
方案特别强调实验室安全，规定：开展非典、禽流感病毒检测工作的实验室必须符合《微生物医学实验室生物安全通用准则》中三级实验室（P3）的要求，并经过国家有关部门批准。凡未经批准的单位和个人不得从事非典、禽流感样本的采集、保藏、携带、运输和使用等相关活动。
