从2000年以来，海南省审计机关加大领导干部经济责任审计的力度，越来越多的“一把手”接受审计监督。2000年至2004年6月间，海南省审计机关共对959名党政机关、企事业单位领导干部的任期经济责任进行了审计，共查出违规行为金额61．4亿元。其中，由领导干部直接经济责任造成的违纪违规和损失浪费金额8．1亿元、负主管责任金额53．3亿元、个人经济问题金额293万元。
几年来，海南省共审计县级以下党政领导干部745人。查出违纪行为金额、管理不规范金额、损失浪费金额52175万元，其中，由领导干部应负直接责任金额18839万元，负主管责任金额33336万元，组织部门参考审计结果，晋升36人、平调571人，免职、降职、撤职134人。
2001年以来，海南省各市县县级以下党政领导干部调任、转任、轮换、退休时，全部进行了经济责任审计。各市县加强市县直属行政机关、乡镇党政领导干部的经济责任审计，将审计重点放在财政财务收支、专项资金的管理和使用、国有资产的保值增值、内控制度建立及其执行等方面。通过审计，揭露了一些行政机关、乡镇存在的乱集资、乱收费、挪用专项资金、招待费严重超标、管理失控等问题，查处了一批严重渎职及个人经济犯罪的干部。例如，澄迈县审计部门对瑞溪镇党委书记王某进行经济责任审计，追回国有资产100多万元。
2000年至2003年，海南省审计机关共对133名县级领导干部进行了经济责任审计，查处违规行为金额22．65亿元，损失浪费金额2454万元。其中省审计厅对33位市县党政“一把手”的任期经济责任进行审计，发现财政收支不实、挪用专项资金、应缴未缴财政收入、国有土地出让管理和财务管理混乱等问题，还查出一些个人经济问题。
审计厅对万宁市某市长经济责任审计中发现，该市政府共投入资金1107万元开发英豪半岛4000亩高位池养虾项目，截至2000年初项目停工，仅建成几栋半拉子宿舍楼、一口虾塘等设施。一个投资千万元的农业项目不但未建成、未产生任何经济效益，而且给英豪半岛的生态环境造成负面影响。1107万元借款和贷款也将到期，面临着极大的损失风险。在审计中还发现，国家向该市投入10万吨供水工程项目资金3652万元，市财政为供水工程利用外国政府借款460万美元提供了反担保，工程总支出8952万元，现已成为半拉子工程。该项目承建方万州市政建设工程有限公司通过不规范的企业改制，在未经国有资产管理部门批准的情况下，将全民所有制企业变更为3个股东合伙的有限责任公司，将一个国家投资9000多万元的供水工程，在其公司财务账上全部变成了私人老板的财产，造成国家资金无法收回。目前省纪委已介入，此案正在查处之中。
近两年，海南省审计部门先后对交通厅等18个省直部门的厅（局）长进行经济责任审计，发现领导干部所在单位挤占、挪用专项资金、决策失误造成损失、违规处置国有资产、财务管理混乱等问题，还查处一些领导干部违纪违法的大案要案。如对海南省供销社原主任谢宗林的经济责任审计，发现其为下属和参股企业担保，造成经济损失200万元，并有收受贿赂、贪污、非法占有公共财物等问题，谢本人已被判处有期徒刑18年。
2000年以来，海南省共对81名国有企业及国有控股企业领导人员进行经济责任审计，查出违纪行为金额10．93亿元，损失浪费金额3941万元。随着审计内容逐年深化，重点审计企业领导人员所在企业会计信息是否真实，内控制度是否健全有效，领导人员是否违反廉政规定等，发现和纠正了国有企业改革和经济管理中存在的一些突出问题，有效地促进了企业领导人员按现代企业制度要求，科学决策、规范管理，提高了国有资产运营的质量和效益。
2000年，省审计厅对海南南洋船务股份公司总经理陈某进行经济责任审计，发现其任职3年，经营不善、盲目决策，搞家族式管理，利用职权牟取私利，公司亏损近3亿多元，公司债台高筑，诉讼不断，资产负债率由40％增加到104％，使一个原本资产优良、大有希望的企业面临破产，致使职工多次上访，严重破坏了社会稳定。其本人还涉嫌骗取信用证291万美元，逃汇、套汇4734万元等犯罪事实，陈某已被公安机关绳之以法。
从2000年至2004年6月底止，海南省干部管理部门参考审计结果，晋升60人、平调685人，免职、降职、撤职194人，建议给予党纪政纪处分13人，移送纪检监察、司法机关处理41人，领导干部经济责任审计在从源头上预防和治理腐败等方面发挥了积极作用。
