与其他医院不同，2001年，三九医院就对脑科手术戒毒的科研项目申请立项，课题全称为《脑磁图立体定向用于毒品戒断的研究》，并得到广东省卫生厅批准。也就是说，手术戒毒是作为一个临床科研项目存在的。
基于此，当最初的申诉动机换回更大的挫折后，三九医院较其他医院而言，采取了更为激烈的姿态对卫生部的叫停举措作出回应。
11月6日，中央电视台某栏目组赴三九医院病房现场采访，镜头前，术后病人无不交口称赞手术效果，并以“不吸烟了、能吃两碗饭了、晚上睡得很香”之类的细节作为辅证。
11月8日，三九医院院长徐德志更是决定公布戒毒手术课题研究的有关数据，表示要“以事实说话，纠正偏见”。
在频频接受媒体采访、试图以正视听的同时，11月4日，三九医院紧急召开会议，决定暂停戒毒手术，但保留以法律程序解决问题的权利。
三九医院法律顾问、中国政法大学卫生法学教授卓小勤临危受命筹备此事。“不排除采取法律行动的可能。”他说。
卓小勤认为，国家卫生部门对于医院可以开设的诊疗科目是有规定的，1994年卫生部出台的《医疗机构诊疗科目名录》中，将医院开展的诊疗项目依级划分，比如妇科、内科、外科为第一级名录，而第一级名录中的内科再细化为消化内科、神经内科等第二级名录，依此下延。戒毒手术所用的立体神经定位实际上属于神经外科下的第三级诊疗科目。但是，恰恰这里国家的管理还未太多触及，几乎没有严格的准入管理制度。在国内相应规定办法缺失的情况下，一般以国际通行的《赫尔辛基宣言》为准。就该宣言所规定的临床科研所遵循的合法性原则、知情同意原则、有利和无伤害原则、普遍认可原则等方面而言，他认为三九医院的戒毒手术符合上述原则。
卫生部科教司技术处宋处长对记者强调，叫停作为卫生部对于医疗卫生行业的监管职能的体现，不容质疑。而且，叫停通知相继经过医政司、科教司、以及法规司共同商讨决定，“不会有问题”。
北京大学法学院卫生法学教授孙东东对卫生部持赞同意见，他认为卫生部是基于戒毒手术的社会层面考虑才理性地作出叫停决定。
就卫生部叫停行动的法律依据而言，孙东东教授解释道，虽然国家对三级诊疗目录的规范和审批不严，但是戒毒手术不在国家允许的诊疗目录内也是事实，单凭这一点，卫生部即可以依据《医疗机构管理条例》来实行叫停。
不过他同时指出，此次叫停行为引发的权力争议，应当引起卫生部的重视。不仅现有的诊疗名录划分不够仔细和及时，国家在医疗新技术方面亦缺乏专门的管理，已经酝酿多年的《卫生新技术临床准入暂行办法》因为种种原因迟迟难以出台。这不仅造成了目前国内在医疗新技术的管理方面的混乱，也为卫生部的监管增添了难度。
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