商务部世贸司的工作人员告诉记者，随着入世过渡期完成和承诺的逐步实施，中国面临的挑战并不会减少，一些深层次影响将逐渐显现和加深。
首先，农产品进口的压力将增大。中国农产品市场将进一步开放，关税水平将继续降低。 2004年农产品关税水平降至15.4%，2008年降至15%。农产品关税配额数量要逐年增加，2006年将取消植物油关税配额管理。中国农业经营规模小，组织化程度不高，资源集约型大
宗农产品的竞争力不强。在发达国家对农业提供大量补贴的市场环境下，国外进口量可能会有较大增加。因此，部分农产品将长期面临国外优质低价产品的竞争压力。
其次，随着透明度的增加和贸易管理方式的规范化，国际经济和国内经济的融合进一步加强，国际经济的波动对国内经济的影响将更加明显。而我国尽管已经确立贸易大国的地位，但可持续发展能力依然不足，企业综合竞争能力不足。
第三，随着我国加入世贸组织的过渡期在2005年后结束，原有的一些管理手段将逐步放开或取消，部分敏感产业将面临进口产品的竞争甚至冲击。例如，2005年 1月1日，我国将取消汽车进口配额许可证管理，汽车进口关税将下降到30％，零部件关税将下降到13％。我国对部分优势资源性商品如煤炭、焦炭、稀土材料、部分有色金属等实施的出口配额管理手段不断受到欧、美、日等其他世贸成员的质疑。
第四，贸易保护主义的威胁日益严重。一些发达国家将会更频繁地利用反倾销措施、特殊保障措施和纺织品的限制性措施等作为实施贸易保护主义的手段，从而对中国产品进入国际市场造成威胁。三年来，各国对中国产品发起反倾销和保障措施调查近120起。
