目前，基层环保部门存在无执法主体、条件差、设备简陋、监测能力薄弱、人手缺、经费保障困难、执法能力弱等问题。主要表现在：
一是无执法主体。在广元市，除市环保局是一级行政主管局外，7个县（区）的环保局都是事业局，没有执法主体。平时由政府委托执法，执法往往陷入尴尬境地。有的地方环保与建设、国土部门合署，仅有一个副职分管，工作人员很少。尤其是乡镇现在一无机构二无
人员，无人去抓基层工作，“头重脚轻”的现象比较突出。
二是办公条件差。基层环保部门办公条件都极为简陋。广元市环保局现有监测设备价值90余万元，远远低于标准配置。7个县（区）环保局中，大多县区都长期靠租房办公，均无业务工作用车，正常工作很难开展，很多地方完全没有环境监测能力。
三是经费无保障。经费问题，也是困扰基层环保局最大的难题。以广元市为例，该市2004年环保经费预算1018万元，经费来源497万元，经费缺口521万元，资金缺口占经费预算的51.2％；市级经费预算465万元，经费来源199万元，经费缺口266万元，其资金缺口占经费预算的57.2％。
基层环保经费缺乏保障，首先表现在部分县区人员经费没有保障。其次是公用经费预算标准低，导致基层环保部门在开展正常工作时，如监督执法、宣传教育、购置仪器设备和环保机构基础设施建设等，所需经费基本上没有保障。这也致使环境监察、监测手段落后；加之缺乏执法主体，无法对违法排污进行监测、执法。
基层环保部门对当地环保无疑承担着不可推卸的责任。因此，“工欲善其事，必先利其器”，要发挥基层环保部门的防线作用，就必须要切实解决基层环境管理工作中存在的问题。
一是尽快理顺环保管理体制。上级多次要求，凡不具备独立执法主体地位的县级环保局，其职能上受到市、州环保局直接管理，设区的环保局，直接纳入市、州环保局管理。但编制部门尚未出台相应文件，市、州一级不好操作，致使这一问题迟迟不能落到实处，给环境监管工作带来一定影响。此外，可采取在现有公务员中调整等方式，落实乡镇环保管理费，弥合“断层”，切实解决“头重脚轻”的问题。
二是尽力增加环保投入。过去环保工作经费主要是靠收取排污费上交返还解决。去年7月1日起实行了收支两条线管理后，排污费全额上交入库，致使工作经费无保障，目标责任和正常工作严重受影响。建议财政、环保部门对实行收支两条线管理后的经费安排出台实施细则，进一步明确纳入财政预算的环保机构范围和具体标准，保障人员经费、公用经费、监督执法经费、仪器设备购置经费以及基础设施经费，重点安排专项业务费，充分保障各种仪器设备所需的维修、维护和消耗费用，保证其正常运转，定项补助环境宣传及自然保护区经费，有计划地安排基础设施经费，逐步解决环保机构基础设施条件简陋、设备陈旧等问题。
