法院一审判决败诉，理由出人意料
法院判决时采纳了医院意见，称“医学上，胆囊炎等疾病无轻、重度之分，只要是患胆囊疾病者就应视为不合格”。
远有“乙肝歧视案”原告胜诉在先，近有胡俊杰撤诉重获工作机会在后，方亚军一度对自己的官司抱有很大信心。
2004年10月15日，胡俊杰办完所有手续，开始了自己在仙居县检察院的职业生涯。四天后，仙居县人民法院对方亚军案作出一审判决，却宣布“维持仙居县人事局作出的不准方亚军进入录用考核环节的行政行为”，方亚军败诉了！
当初胡俊杰得到的最有力证据是浙江省人事厅公务员管理处出具的那份解释，这直接导致了县人事局主动提出和解，然而同样的情况在方亚军案中却成了另外一番模样：县法院在判决书中采纳了体检医院的意见，称“省人事厅《体检标准》第一条第六项‘重度慢性’是对胃炎的修饰，对其他四项疾病不作修饰”、“医学上，胆囊炎等疾病无轻、重度之分，只要是患胆囊疾病者就应视为不合格”。
2004年11月1日，方亚军正式向台州市中级人民法院提起上诉，目前台州市中院还未对此案作出最后判决。
给《公务员录用体检标准》提意见
他惊喜地发现，他反映的问题在修改后的《体检标准》试行稿中有了体现———对胆囊息肉的限制条款被删除。
2004年8月1日到31日，国家人事部、卫生部联合开展了“《公务员录用体检标准(试行)》网上征集意见”活动。
“当时胡俊杰已撤诉，而我的官司还没开庭，我以我们俩的亲身经历对相关条款提出了修改意见，比如胆囊息肉非常常见，完全没必要进行限制。”而对自己的情况，方亚军也表示，“网上征求意见的条款内容原来是‘反复发作的有梗阻的胆结石或泌尿结石，不合格’，但‘反复发作’是对一段时间的考量，而体检只是在一个时间点的检测，很难在体检时确定是否反复发作过。”
11月15日，国家人事部、卫生部公布了修改后的《体检标准》试行稿，并第二次公开征求意见。当时方亚军的官司一审已输了，然而这时他却惊喜地发现，他反映的问题在试行稿中有了体现———对胆囊息肉的限制条款被删除。
“如果这份标准早些出来，胡俊杰自然不会经历那番波折，而我也用不着打官司了。”不过方亚军认为打这场官司还是值得的，“你看，在2003年的‘乙肝歧视案’后，很多地方都做了政策修订，我希望在我和胡俊杰的官司之后，明年被查出有胆囊息肉和轻度胆结石的考生有公平竞争的机会。”
2004年的这场官司，让方亚军感触良多：“我希望我也能为推动公平入仕出点力，就像去年的张先著。他虽然赢了官司，但却没赢回工作；而我现在还有机会，你看，事情就是这么逐渐在进步。”
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