前美国在台协会理事主席卜睿哲在其新书《解开纠结》中称，从李登辉到陈水扁，台湾处理有争议的重大议题时，“往往不尊重既有体制，又不与美国事前磋商，结果既增加了美国的疑虑，又恶化了台湾的处境”。
据台湾媒体报道，卜睿哲这本新书以台海议题为主轴，其中有一章《决策体系》，分析了大陆及台湾的决策机构、特质等。有关台湾部分中他稳，在最高层级，台湾的决策体系
，高层官员能够发挥多少影响力，不是根据法律赋予的权力，而是看他和“总统”的私人关系而定。
卜睿哲在书中说，台湾的决策过程集中在少数军、文人之手，有时受到“总统”个人的强烈影响，不论高阶层或低阶层都缺乏跨部会协调。“李登辉领导下，正式的程序支离破碎，喜欢以临时的、个别的、私人的会议取代正式程序”。比起李登辉陈水扁比较重视咨询，“但是，不咨询相关部门就决定政策，仍持续发生”。
卜睿哲稳，李登辉最明显的例证是1999年7月的“特殊国与国论”。卜氏非常详细的写出当时的背景、草拟经过等。结论是，当时相关人员认为尚未到发表时机，建议暂缓，但是李登辉自有主张，结果酿成危机。
至于陈水扁，卜睿哲说，“有类似的倾向”，把原本应有机会陈述专业意见的官员排除在决策过程之外，所以先后四次引发了争议。第一次是2002年8月3日的“一边一国”；第二次是2003年5月20日宣布要就加入世界卫生组织一事举行“公民投票”；第三次是2003年9月28日表示要制定“新宪法”，并以“公民投票”复决；第四次是2003年11月29日，宣布要举行“防御性公投”。
卜睿哲分析称，李登辉及陈水扁这几次决策，避开了“正规的‘政府’部门”，最后单独决策，“的确加深了台湾的不安全感”。尤有甚者，“这些决策，事前没有与美国——这位台湾安全的‘守护者’——咨商，加深了美国的忧虑，令美国担心自己会卷入没必要或损及美国利益的军事冲突。这只会恶化台湾的情势”。（来源：中新网）
