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台日经济海域问题根源为日本1996年单方面制定“有关专属经济海域及大陆礁层法”，从最南端的与那国岛划200海里经济海域，把台湾、马祖都划到其经济海域。
依照这样的划法，台湾如果从钓鱼台列屿划200海里经济海域，日本的琉球也会整个被划进来。由于日本的划法不合理，台湾和日本曾进行谈判，日本政府虽让步，但仍坚持“中线原则”处理，但此举造成海域面积就在苏澳外海，渔船只要从苏澳出海，1个多小时就到日本经济海域。
因此，台湾在1998年实施“‘中华民国’专属经济海域及大陆礁层法”，因为“中线原则”对台较不利，因此主张衡平原则，由双方协商解决经济海域问题。从1996年到去年为止，台、日进行过14次渔业谈判，但一直无法达成共识。
日本擅自扩张经济海域后，其海上巡逻舰长期挂着写有“此地是日本的领海要立即退出”的白带警告标语，不时执行驱离渔船任务；台湾渔船不论是捕渔、船只搁浅，还是救难船，都会遭查扣船并罚钱。有时一些无辜的台湾渔船因潮流不慎网具漂进日本经济海域，就被当成贼，连人带船一起扣押，罚款约430万日元，不久前又提高为1000万元日元，一年所得也不够罚的，渔民恐惧感更深了。（来源：香港大公报）
