据云南省环境保护局介绍，"十一五"期间，云南将继续开展湖泊环境综合治理，解决湖区社会经济发展和保护的矛盾，力争到2010年九大高原湖泊水环境恶化的趋势得到控制，部分湖泊的水质逐步改善。
目前，九大高原湖泊污染依然严重。从2004年监测结果看，一半湖泊水质达不到水环境功能要求，滇池草海、星云湖、杞麓湖、异龙湖水质受到严重污染，水质类别劣于Ⅴ类
标准，有的湖泊水质仍呈下降趋势，湖泊生态系统十分脆弱。虽然滇池水质迅速恶化的趋势得到遏制，但水体富营养化依然严重。"十一五"期间，随着城市的扩张、人口增加和经济总量的增长，高原湖泊面临的压力将进一步增大，解决湖区社会经济发展和保护的突出矛盾，仍然是云南省今后相当长时期内环境保护的主要任务。
据介绍，云南九湖治理将继续贯彻"一湖一策"的治理原则，从源头上控制污染，对基本达到湖泊功能要求的湖泊如泸沽湖、抚仙湖、阳宗海、程海等四湖加强保护，重点控制新的污染源，控制农业和农村面源污染；对未达到湖泊水质功能的湖泊，如滇池、洱海、杞麓湖、星云湖、异龙湖等五湖，进行以总量控制为基础的污染源控制，深化点源治理，有选择地进行内源治理及水资源优化调度，加强科研和湖泊监督管理能力建设。实施畜禽渔养殖污染、农业和农村面源污染的综合防治示范。
云南九大高原湖泊及流域由于地形平缓、土壤肥沃和水资源使用便利，历史以来就是云南社会经济发展的密集区域。九大高原湖泊流域面积虽然只占全省国土面积的2.1%，但流域人口却占全省总人口的9.3%，流域内每年创造的国内生产总值占全省经济总量的34%，这意味着全省经济活动造成的环境影响的约1／3是由九湖及其流域的生态系统来承担的，九湖面临的环境压力明显高于全省的平均水平。预计在中远期九湖湖区的城市和人口规模将进一步增加，经济总量和土地利用规模将进一步扩张。(浦琼尤）
