吕秀莲先是宣布辞去代理主席，之后又同意接受慰留，由这次代理主席风波分析，民进党2008年的热门接班人吕秀莲、游锡堃、苏贞昌、谢长廷4人当中，吕秀莲在2008年争取党内提名绝非省油的灯，她这次冲撞民进党体制和陈水扁，其威力恐怕连陈水扁也感受到“震撼教育”，这场赤裸裸的权力斗争，吕秀莲暂居上风。未来真正让陈水扁提前跛脚的，恐怕并非其他3人，而是来自他挑选的副手吕秀莲。
陈水扁从第二任开始，一直小心翼翼安排吕、游、苏、谢4人权力平衡，但一场县市长选举和高捷案疑云，让原本声望最高的苏贞昌和谢长廷身受重伤。根据正义联线“立委”指出，“总统府秘书长”游锡堃可能参选民进党主席选举，这项方案获得部分正义联线及新潮流系人士的认可，至少在眼前他是个可以稳住党中央和带领打选战的人选。而游锡堃处在这个主席位置，可以说，“进可攻、退可守”，他先担任党主席也可看情势争取2008年“大选”。
吕秀莲提名争取代理主席的过程，把民进党各派系搞得快举手投降，也让派系领袖及中生代见识到民进党“女权运动”出身的吕秀莲绝不屈服的一面。
目前距离“大选”初选还有一段时日，吕、游、苏、谢4人的际遇仍不得而知，但吕秀莲不甘被冷落甩在一边，也是相当清楚明显，她会用自己的方式，杀出一条血路。至于吕是否参选党主席，仍待观察。不过新潮流系总召段宜康已经放话，要吕秀莲知所节制，扮演好代理主席的角色；“福利国”联线的李俊毅说“如果吕秀莲决定参选，考虑给予支持”。
从这次风波观察，陈水扁在未来两年多任期内，由吕秀莲开启的挑战风潮，恐怕会借着改革之名，一波接着一波，让陈水扁应接不暇。
