“3·19枪击案”发生两年，吕秀莲曾经公开质疑，目标是她而不是陈水扁。如今更有消息指出，吕秀莲怀疑枪击案为民进党内部阴谋，有人试图利用台“选罢法”中“暗杀条款”，达到赢取“选举”的目的。
据了解，根据台“选罢法”中“暗杀条款”，当年倘若“3·19枪击案”中的子弹打中了吕秀莲，并不影响选举结果，即不会影响陈水扁当选。以2004年台“大选”为例，如果在
选举期间，陈水扁死亡，则“大选”停止，并且重新举办；如果吕秀莲死亡，则选举照样进行。
台媒引吕秀莲友人胡忠信的话说：“吕秀莲一直怀疑枪击案是要暗杀她。换句话说，怀疑是不是在当时选情不利的情况下，民进党内部的一场阴谋活动。”据台警方指出，枪击案中，被检获的两颗弹分别是一铜一铅。击中陈水扁的是铅弹头，因为材质的关系，杀伤力不强，击发后子弹容易变形。而击中吕秀莲的铜弹，杀伤力强，击发后不会扩散。
陈水扁与吕秀莲在枪击案后的反应也不相同。在台检察机关草草结案之后，陈水扁予以表扬，相关办案人员也纷纷得到升迁。而枪击案发生不到半个月，吕秀莲急切地追求真相，不顾伤势还未复原，就迫不及待跳出来公开说：“种种证据显示我是第一个被暗杀的对象。”同年底又向检警喊话：“要破就破真案，不要破假案。”又几次语带玄机欲言又止，外界怀疑她掌握内幕关键证据，可能是翻案的关键人物。
2005年3月检警首度公布调查进度，嫌犯指向陈义雄，吕秀莲知道后竟说：“绝对要毋枉毋纵，不要用一个死了的人来顶替。”同时还广征办案高手突破盲点。去年6月，“立委”李敖宣称拿到美国中情局秘密数据，显示“3·19”真相就是陈水扁找人要干掉吕秀莲，呼吁吕秀莲说明真相。同月“最高法院”驳回国亲的“当选无效”诉讼，吕秀莲趁机表示，检调公布的枪击事件调查结果，没有一点是她可以接受的。8月检调召开记者会宣布破案，吕秀莲反应最为激烈，她特意发表五点声明，声称“事实真相只有一个，要有证据才能让人信服”，同时还意有所指地表示，枪击案结案“仍未消除外界疑虑”，希望继续侦办该案。
