市委、市政府发布的《中共北京市委北京市人民政府关于增强自主创新能力建设创新型城市的意见》(以下简称《意见》)，在“完善政策措施，激励自主创新”部分提出，要通过落实税收政策，重点使科技企业自主创新减轻税务负担，鼓励其加强科技自主创新。
这方面优惠措施共包括4个方面。第一是对企业自主创新投入的税前抵扣力度加大。企业当年实际发生的技术开发费用，可允许按其150%抵扣当年应纳税所得额。比如投入100
0万元用于技术开发，那么企业应交纳所得税的财务中，有1500万元可享受免税优惠。并且，当年抵扣不足部分，可按税法规定在5年内结转抵扣。此外，企业提取的职工教育经费在计税工资总额2.5%以内的，可在企业所得税前扣除。
第二是允许企业加速研究开发仪器设备折旧。企业用于研发的仪器设备，单价30万元以下的，可一次或分次摊入管理费；单位价值在30万元以上的，可采取适当缩短固定资产折旧年限或加速折旧的政策。通过这项政策，企业可以不必为仪器设备纳税，或者减少纳税年限和额度。
第三是中关村科技园区内新创办的高新技术企业经严格认定后，将按15%的税率征收企业所得税。同时可以享受自开办之日起三年内免征，第四至六年减半征收的优惠政策；或是自获利年度起两年内免征企业所得税的优惠政策。第四是对整体或部分企业化转制科研机构免征企业所得税、科研开发自用土地、房产的城镇土地使用税、房产税的政策到期后，根据实际需要加以完善，以增强其自主创新能力。
市地税局局长王纪平表示，收好税之外，地税局今后要保证给符合条件的企业做好减免税工作。他同时表示，税收优惠只针对自主创新的产品、专利、技术开发、技术服务、技术培训或交易等产生的收入。比如，一个产品的销售价格是100元，其中只有50元是其核心技术的收入，这一核心技术属于自主创新技术，那么这50元可以享受相应的营业税、所得税的减免政策，另外50元收入则要正常纳税。
