9月5日下午，教育部部长周济和卫生部部长高强一起将覆盖在北京协和医学院(清华大学医学部)上的红绸揭开，创建于1917年的中国协和医科大学正式更名。全国人大常委会原副委员长吴阶平，卫生部副部长蒋作君，市委常委、教育工委书记朱善璐出席揭牌仪式。
根据党中央关于建设若干所世界一流大学的精神以及国务院关于进一步加强教育和科技体制改革的要求，教育部、卫生部经过认真调查研究，于2002年9月签署协议支持清华大
学和中国协和医科大学实行紧密合作。此次更名协和医科大学重新恢复了老校名，并将与清华大学医学院逐步整合成为世界一流的医学院。
更名后的协和医科大学英文名称为“Peking Union Medical College，Tsinghua University”，接受教育部、卫生部双重领导，其原有的隶属领导关系、资产关系和经费管理体制保持不变。原中国协和医科大学和原清华大学医学院将逐步整合成为一个一流的医学院，清华大学不再另办医学院。北京协和医学院(清华大学医学部)的学科建设由清华纳入“211工程”和“985工程”等国家重点建设工程的整体规划及其他相关计划之中。
北京协和医学院(清华大学医学部)和清华大学将共同制定临床医学专业的学生和研究生招生培养计划，临床医学专业的学生和研究生具有“北京协和医学院(清华大学医学部)”和“清华大学”两校学籍。临床医学专业的学生和研究生毕业证书和学位证书盖“清华大学”和“北京协和医学院”两个公章。(刘昊)
