1995年，李登辉以私人访美为借口，在国际上进行“台独”分裂活动，两岸关系陷入危机，两会协商被迫停止。

　　至1998年，在两岸同胞的共同努力下，两岸气氛有所缓和。1998年10月14日，海基会董事长辜振甫先生应邀率团赴上海、北京参访，汪道涵和辜振甫时隔五年后第二次握手，举行“汪辜会晤 ”。

　　至1999年6月底，两会多次交换意见，并就汪道涵9月中旬或10月初访台达成初步共识。

　　1999年7月9日，李登辉抛出“特殊两国论”。两会商谈再次中断。

　　2000年，继任的台湾当局领导人陈水扁拒不承认一个中国原则和“九二共识”，两岸关系持续陷入紧张僵局。

　　2005年，辜振甫、汪道涵先后辞世。

　　直到2008年3月，承认“九二共识”的中国国民党在新一届台湾地区领导人选举中胜出，新领导人马英九表示“两岸同属中华民族”，两岸关系出现新气象，为两会复谈带来契机。

　　2008年5月26日，中国国民党副主席江丙坤当选台湾海基会新任董事长；6月3日，海协会第二届理事会正式产生，原中共中央台办、国务院台办主任陈云林被推举为新会长。

　　2008年5月29日，海协致函海基会，邀请海基会董事长江丙坤、副董事长兼秘书长高孔廉于6月11日至14日率团访问北京，就两岸周末包机、大陆居民赴台旅游事宜进行商谈；5月30日，海基会函复海协表示同意。

　　2008年6月13日上午，睽违九年后复谈的海协会与海基会，在北京钓鱼台国宾馆签署《海峡两岸包机会谈纪要》与《海峡两岸关于大陆居民赴台湾旅游协议》，开启两岸关系新局面。

　　2008年10月27日，两会在深圳商定，海协会长陈云林率协商代表团于11月3日至7日访问台湾。

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