在海基会完成内部的工作分配之后，海基会秘书长高孔廉还颇为纳闷地说，“那指挥官是谁呀？”，事到临头，马政府连这五天四夜的总指挥官是谁都没律定好，在众人面面相觑之下，高孔廉也没再多说，与会的官员就认定高孔廉是这几天的指挥官了。

　　结果问题又来了，如果江丙坤和高孔廉都在谈判桌上，无法接听电话、处理、调度各个现场怎么办？后来海基会内部又推出包括主任秘书廖运源、副秘书长林淑闽、董事长特别助理高文诚、顾问庞建国组成四人小组来因应突发事件。

　　海基会手忙脚乱，“陆委会”的情况更糟糕，连记者报名采访的规划作业都做不好，不仅媒体记者怨声载道，连“新闻局”都看不下去，要求“陆委会”联络处做更细致的规划。

　　“陆委会”规划有意采访这次陈江会谈的记者采取网路报名，但事前并没有定下规则，造成媒体疯狂报名，台湾某电视台甚至一口气报名105个记者，以致于最后有1047个中外记者完成报名手续，但麻烦来了，海陆两会根本没有经验、也没有能力处理规模这么庞大的采访团，于是回过头来删减人数，最后只有138家、574名记者能够拿到采访证。

　　直到昨天中午，“陆委会”联络处官员才开始联络媒体，通知有些场合必须限制采访人数，每家媒体能得到的采访机会并不一样，而且名单全由官方决定，以致于部分媒体怨声载道，纷纷找官员抗议。

　　有些基层官员前晚整夜没阖眼，加班赶工让记者在昨天完成报到手续，结果不但没有得到掌声，还被记者抱怨到臭头，官员红肿的双眼流露出些许无奈，但到底问题出在哪里？谁该负责？陈江会后，马政府总该给个交代﹗

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