1992年，海协会与海基会在香港就两岸事务性商谈中如何表述坚持一个中国原则的问题进行讨论，后来形成“九二共识”，为海协会和海基会的商谈奠定了基础。

　　1993年4月，海协会会长汪道涵和海基会董事长辜振甫在新加坡举行会谈，这是自1949年以来两岸高层人士首次以民间名义进行的公开会晤。这次会晤建立了两岸制度化协商的机制，标志着两岸关系迈出了历史性的重要一步。“汪辜会谈”签署了《汪辜会谈共同协议》等4项协议，推动了两岸经贸往来和民间交流的发展。此后，双方又举行了20多次不同层级的商谈以及1998年在上海举行的“汪辜会晤”。这一期间两会协商取得的成果，受到了两岸同胞的欢迎和国际社会的肯定。

　　1999年李登辉抛出“两国论”后，两会商谈被迫中断。

　　2008年3月以后，台湾局势发生了积极变化，两岸关系发展面临着难得的历史机遇。海基会、海协会先后改组，并同意在“九二共识”基础上尽快恢复商谈。5月28日，胡锦涛会见率团来访的国民党主席吴伯雄并同他举行会谈。两党领导人会谈达成的重要共识之一，就是尽快恢复两会的交往协商。

　　2008年6月12日－14日，海协会与海基会在北京恢复了中断九年之久的商谈，标志着新形势下两岸关系改善和发展有了一个良好开端。两会就两岸周末包机、大陆居民赴台旅游议题进行了平等协商并签署协议。两会还就海协会会长陈云林年内率海协会代表团赴台访问并进行两会协商达成了共识。两会成功复谈表明，只要双方秉持建立互信、搁置争议、求同存异、共创双赢的精神，就一定能够不断推动两岸商谈进程，不断取得更多积极成果。

　　10月27日，两会在深圳举行预备性磋商并商定：陈云林一行于11月3日至7日访问台湾。两会将在台北举行第二次领导人会谈及工作性商谈，协商解决两岸海运直航、两岸货运包机、平日包机及建立空中直达双向新航路、两岸邮政合作、两岸食品安全等问题，争取达成一致意见，并签署协议。

　　现任海峡两岸关系协会会长陈云林

　　海峡两岸关系协会会长陈云林11月3日率海协会协商代表团抵达台北，成为海协会成立以来首位应邀访台的海协会最高领导人。

　　陈云林，1941年12月出生，辽宁黑山人。1966年5月加入中国共产党。1967年毕业于北京农业大学土壤化学系。历任齐齐哈尔市榆村屯化工厂技术员、主任、党支部副书记、党委委员、革委会副主任、厂党委副书记、副厂长、厂长，1981年起任齐齐哈尔市计委主任、市委常委。1983年任齐齐哈尔市市长、市委副书记。1984年调往哈尔滨，历任黑龙江省委副书记，省经济体制改革委员会主任。1987年起历任黑龙江省副省长、省委副书记、省委常委。

　　1994年1月，陈云林辞去黑龙江省副省长职务，同年起任国务院台湾事务办公室副主任。1997年1月任国务院台湾事务办公室主任，2008年6月当选为海协会会长，同时卸任国台办主任职务。

　　陈云林是中共十四届中央候补委员，十五届、十六届中央委员。他爱好读书、体育运动，对中国古典文学、历史、中外经济方面的著作以及历史人物传记都感兴趣。