1992年，海协会与海基会在香港就两岸事务性商谈中如何表述坚持一个中国原则的问题进行讨论，后来形成“九二共识”。

　　1993年4月，海协会会长汪道涵和海基会董事长辜振甫在新加坡举行会谈，这是自1949年以来两岸高层人士首次以民间名义进行的公开会晤。这次会晤建立了两岸制度化协商的机制，标志着两岸关系迈出了历史性的重要一步。

　　1999年李登辉抛出“两国论”后，两会商谈中断。

　　2008年3月以后，海基会、海协会先后改组，并同意在“九二共识”基础上尽快恢复商谈。。

　　2008年6月12日－14日，海协会与海基会在北京恢复了中断九年之久的商谈，标志着新形势下两岸关系改善和发展有了一个良好开端。两会就两岸周末包机、大陆居民赴台旅游议题进行了平等协商并签署协议。

　　10月27日，两会在深圳举行预备性磋商并商定：陈云林一行于11月3日至7日访问台湾。