吕秀莲肯定陈云林访台表现，对马英九评价不高。台海网11月8日讯 海协会会长陈云林访台五日参加“台北会谈”，两会签定四项协议，并举行历史性的“马陈会”。吕秀莲肯定陈云林访台这几天的表现，但对马英九表现则表示，“怎么还有人不叫他‘总统’，他还说满意，夫复何言？实在不能理解。”

　　据台媒报道，吕秀莲下午在她的办公室召开记者会。吕秀莲说，她很激赏陈云林讲的一句话，“以协商化解分歧，以合作取代对抗”。如果陈云林先生认为，要解决台湾跟大陆的历史问题，要本着这个精神，马英九先生所领导的团队，似乎也应该记取这个教训，赶快学会建构一套以“协商取代分歧、以合作取代对抗”的有效机制。

　　她希望马英九在这次冲突中有所反省，若能跨过国共之间几十年的历史恩怨，为什么不花一点心思，做更该做的事情，积极有效的谋求政党的和谐，见够有效的政党协商机制，同时必须深思朝野为何会发生冲突，正视这个问题。