八月十二日特侦组第二度传唤陈水扁，陈水扁应讯强调“国务机要费”是“特别的特别费”，更首度引用马英九特别费案的大水库理论辩解。

　　八月十四日陈水扁首度坦承海外有密帐，隔天即被特侦组要求到案说明，当时陈水扁强调海外资金是选举结余款，都是太太所为，他并不知情；八月十六日特侦组首度搜索陈水扁宝徕住处及扁办公室，陈水扁亲自在家中开保险箱供检察官检视。

　　九月三日陈水扁第四度赴特侦组应讯时，携带十几件他宣称的“机密工作”支出文件，包括他资助公投入联大游行、形象台湾广告等，欲向检方证明“国务机要费”根本不够花。

　　随着特侦组陆续收押扁办出纳陈镇慧、办公室主任林德训及扁家白手套蔡铭哲、吴淑珍的胞兄吴景茂，陈水扁的态度也从法律战转而诉诸群众、塑造遭政治、司法迫害形象。

　　九月二十五日特侦组第二度大搜索扁家及扁办。

　　接着，阿扁开始一连串南下向绿营群众取暖行程，指没贪一毛钱，全是政治迫害，连马英九下令收押他都说出口。

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