随着1992年台湾的“国会”全面改选，民进党各大派系也逐渐应运而生。当时谢长廷喊出“福利国家”口号，陈水扁则打出“正义联线”，依附在“美丽岛系”之下，同时，海外的“台独联盟”也在1988年后逐渐回流至台湾发展，并投入公职选举。整个上世纪九十年代，“台独联盟”、“新潮流系”与“福利国联机”不仅结盟，且政治立场倾向于支持台湾“独立”；而“正义联线”与“美丽岛系”的结盟则强调维持现状。

　　1996年底，“台独”联盟部分成员另成立“建国党”，台独联盟在党内势力逐渐转型，仍留在民进党内的成员则转向加入正义联线、福利“国联”机或新潮流系的运作。自此，民进党内美丽岛系、新潮流系、“福利国系”、正义联线四大派系陆续成形，派系间虽经常进行路线辩论，却也以合作状态进行共治，并未产生重大冲突。

　　然而自1999年陈水扁成为“总统候选人”后，正义联线迅速壮大，迫使“美丽岛系”的许信良退党，张俊宏出走出美丽岛系终于趋于式微。

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