有分析指出，马英九主政一年来，虽然宣布“不主动挑衅”，但实际台军军备建设并不是随之放松，而是有所加强。

　　一位不愿透露姓名的专家表示，现在只能说马英九全部两岸政策，都是为了台湾的经济利益，而没有任何证据显示他这么做考虑了中华民族的整体利益。人们应该知道，马英九是积极推动西方式民主的人，曾经公开支持“藏独”和“民运”分子，他的政治理念与大陆有很大差别。

　　美国《世界日报》17日也发表评论称，马英九路线表面看是建构两岸和平发展环境，符合潮流和美中需求，但亦可解读为“政经分离、师从李登辉的台独路线”。

　　有大陆观察家认为，从某种程度上说，今天的两岸局势依然很脆弱。尤其在岛内蓝绿分裂依旧，民进党仍有卷土重来的可能。两岸在接近以后，能不能继续往前走，还是一个未知数。