当地时间4月17日，尽管吉尔吉斯斯坦总统巴基耶夫已经在俄罗斯士兵的护送下，离开了吉尔吉斯斯坦，但在该国南部的贾拉勒阿巴德，巴基耶夫的支持者仍然冲击了由临时政府控制的地方政府大楼。有消息称，贾拉勒阿巴德已经被巴基耶夫的支持者控制。

　　17日，临时政府在贾拉勒阿巴德采取行动，试图逮捕巴基耶夫的兄弟艾哈迈德·巴基耶夫，但是行动没有成功，却引来了强烈抗议。带队实施抓捕的临时政府内务部长在试图安抚集会示威的地方警察时，被愤怒的人们扯烂了衣裳，只能狼狈逃离。作为地方的重要力量，贾拉勒阿巴德地方警察在集会示威中，要求调查4月6日至8日首都骚乱期间向民众开枪的真相。此前，巴基耶夫曾声称，开枪镇压群众是临时政府成员的阴谋。国际文传电讯社援引贾拉勒阿巴德消息人士的话说，当地目前已经处于巴基耶夫的支持者控制之下。不过，吉尔吉斯斯坦临时政府则声称，尽管贾拉勒阿巴德情况复杂，但政府仍在控制局势。

　　南部巴基耶夫支持者的行动，是否会引发内战目前不得而知。更让人找不到答案的，是巴基耶夫究竟去了何方。

　　当地时间4月15日，巴基耶夫在俄士兵的“保护”下，乘机飞往哈萨克斯坦会晤纳扎尔巴耶夫总统。当时，巴基耶夫在贾拉勒阿巴德对支持者称，是纳扎尔巴耶夫邀请他去商量如何调解目前复杂局势。随后，当地时间16日凌晨，从哈萨克斯坦传来了巴基耶夫的辞职声明。吉尔吉斯斯坦临时政府代表称，巴基耶夫16日凌晨从哈萨克斯坦用传真发来自己的辞职声明。声明用俄文手书而成，共有两页。传真显示为哈萨克斯坦的电话区号。“认识到自己对吉尔吉斯斯坦人民与维护国家领土完整的责任，并且根据宪法，我辞职。”文中写道。不过，巴基耶夫的兄弟艾哈迈德称，所谓总统辞职的传真信件是伪造的。艾哈迈德表示，“巴基耶夫目前在国外进行谈判，尚未提出离职的问题。这份传真是伪造的。”当地时间17日，来自哈萨克斯坦的消息称，巴基耶夫已经乘飞机离开了哈萨克斯坦，但去向不明。有消息说，他飞往了明斯克，因为白俄罗斯总统卢卡申科曾表示过对他的支持。还有消息说，巴基耶夫去了土耳其，并寻求政治避难。此外，还流传着他仍然滞留在哈萨克斯坦以及秘密返回贾拉勒阿巴德等多个版本。不过哪一种说法都没有得到证实。

　　巴基耶夫的哈萨克斯坦之行都遭遇了什么？也许通过俄总统梅德韦杰夫16日的一番话，能推测一二。梅德韦杰夫16日指出，在俄罗斯、美国以及哈萨克斯坦的共同努力下，巴基耶夫辞职，而这避免了吉尔吉斯斯坦内战的爆发。