南京医科大学眼科医院位于南京市汉中路138号，是在原中日友好南京眼科医院基础上新建的与国际先进眼科设备、技术全面接轨的眼科专科医院。
该院拥有世界一流的全套最新的眼科检查及诊疗设备。他们从美国、德国、日本引进了最先进的准分子激光机、YAG激光机、532眼底激光机、超声乳化仪（冷超乳）、玻璃体切割机、ZEISS手术显微镜等全套治疗设备，以及OCT（光学相干断层扫描）、全套视觉电生
理检查仪、视野检查仪、眼底照相及眼底荧光血管造影和脉络膜血管造影仪、附20Hz的最新眼科专科A/B超、以及角膜地形图仪等一系列进口检查设备，可为广大眼科疾病患者进行准确诊断和及时治疗。
高水平的眼科显微手术技术和高技能诊治疑难杂症是该院的鲜明特色。该院拥有袁南荣教授、蒋沁教授等一批高水平的国内知名的眼科专家，在目前眼科领域最高难度的视网膜玻璃体手术、PTK角膜移植术、复杂眼外伤的处理等其他疑难杂症的诊断和治疗上有很深造诣。该院拥有包括白内障、青光眼、视网膜玻璃体及眼底病、斜视弱视、角膜病、眼表及泪道疾病、眼整形美容、准分子激光及其他角膜屈光手术、验光配镜中心、眼科法医门诊等十一个专科，分别由著名专家担任学科专科带头人。
该院诊疗程序规范。他们采用专家专病治疗的原则，率先制订了各类疾病的规范诊疗流程，如斜视弱视诊疗流程、青光眼诊疗流程、眼底病诊疗流程、医学验光诊疗流程等，做到诊疗规范化，从而对某些疾病可以早期发现早期治疗。该院坚持收费价格规范、合理原则，按照省市物价部门共同监督。
医院还引进了国际上最先进的验光设备，在省内率先开展医学验光流程、医学配镜流程，为广大患者提供个性化配镜服务，被评为江苏省“产品、质量服务优秀单位”。
