地质地貌

　　珠峰自然保护区全部处在喜马拉雅地层、地质构造区(该构造区南起恒河平原，北至雅鲁藏布江谷地，是青藏高原地质形成最新的地区)之中。

　　由于强大的喜马拉雅构造运动的结果，构造了珠峰地区大尺度的地貌类型配置格局，形成了以高喜马拉雅山脉和藏南分水岭为骨架，以高原湖盆、宽谷为基底，并含有河流、湖泊、冰川、冰缘、风沙等多种地貌类型的及其复杂的现代地表形态。世界上最高大、最年轻的山脉—喜马拉雅山脉的地貌形态在珠峰自然保护区内最具特色，它自西向东横贯本区南缘。位于保护区的喜马拉雅山脉，是整个山脉的最高部分，该山脉11座8000米以上的高峰中就有5座分布于保护区；世界第一高峰—珠穆朗玛(埃佛勒斯，8844米)，世界第四高峰—洛子(8516米)，世界第五高峰—马卡鲁(8463米)，世界第六高峰—卓奥友(8201米)，世界第十四高峰—希夏邦马(8012米)；故该段山脉亦称高喜马拉雅。 

　　水文

　　保护区内的水资源也相当丰富，其最大的河流—朋曲干流及其主要支流的水能蕴藏量在293万千瓦左右。保护区的河流以朋曲河的干、支流为主，此外还有绒辖曲、波曲、吉隆藏布、斗嘎尔河等四条较大的沟谷河流。这五条河流均为外流河，属恒河水系。保护区的湖泊以佩枯错为首，其面积达300平方公里，此外还有星罗棋布的高原小湖泊。在保护区的诸多山峰中发育着许多规模巨大的大陆性冰川，这些冰川是保护区内河流、湖泊的源泉。

　　气候

　　保护区内气候资源丰富，据协嘎尔气象站多年资料表明，年均气温在2.1℃，年均≥0℃的积温在1000--1500℃，极端最高气温24.8℃，极端最低气温-46.4℃，无霜期100—120天；年日照时数达3323小时，日照百分率达75.3%；年均降水量270.5毫米，年均总蒸发量2479.5毫米，蒸发量远高于降水量，且降水多集中于7—9月；雨热同季。

　　动植物资源

　　区内国家一类保护动物有长尾叶猴、熊猴、喜马拉雅塔尔羊、金钱豹、野驴、雪豹、红胸角雉、黑颈鹤；国家二类保护动物有小熊猫、黑熊、藏雪鸡、岩羊等；哺乳动物53种，鸟类206种，两栖动物8种，爬行动物6种，鱼类5种。

　　保护区内不仅有丰富的野生生物资源，还有极其丰富的农作物品种资源及畜种资源。据不完全统计，目前已知的药用植物资源达50多科160种。根据初步调查，珠峰自然保护区内有高等植物2348种，其中被子植物2106种、裸子植物20种、蕨类植物222种，苔藓植物472种，地衣植物172种，真菌136种。农作物品种繁多，有小麦、青稞、荞麦、鸡爪谷、玉米、马铃薯、豌豆、油菜等。牲畜品种有牦牛、黄牛、犏牛、马、骡、驴、山羊、绵羊等。

　　国家重点保护植物有长蕊木兰、西藏延龄草、天麻、锡金海棠、参三七、长叶云杉、长叶松等。其中引人注目的是属中亚地区特有种的雪豹，已被列为珠峰自然保护区标志动物。

　　区内有多处具有重要科学研究价值的地史学遗迹，如吉隆县聂汝雄拉上新世的三趾马化石群、希夏邦玛峰的高山烁化石群等。此外，珠峰自然保护区在生物、地质、环境等众多学科上也有极大的研究和参照价值。