虽然有关文件规定，中央和地方政府对卫生事业的投入，要随着经济的发展逐年增加，增长幅度不低于财政经常性支出的增长幅度，但实际上许多地方并没有做到，财政卫生支出占财政总支出的比重持续下降。究其原因：

　　其一，长期以经济建设为中心，包括卫生在内的社会事业不但没作为财政投入的重点，而且有限的资金也难以保障。其二，财政补助政策难以落实。公立医疗机构规模太大(全国公立医疗资源占90%以上)，冗员过多，加上医疗机构承担并完成的公共卫生任务往往不十分明确，补偿水平也难以合理确定。其三，政府投入多少、发挥多大效益、建立怎样的机制，在很大程度上受到医药卫生体制的制约和影响，同时对医疗服务行为缺乏监管也造成卫生医疗费用快速上涨，影响了政府投入绩效，加剧了投入不足的矛盾，使得政府卫生投入显得相对不足。

　　政府卫生投入结构不合理，公共卫生和农村卫生投入相对不足。

　　在政府卫生投入总量不足的同时，还存在政府卫生投入重医疗服务、轻公共卫生，重城市、轻农村的问题。根据卫生部提供的《2004年全国卫生财务年报资料》，2004年在财政用于卫生、中医的全部支出中，用于医疗机构的支出占全部支出的58.51%，用于防治防疫、妇幼保健等公共卫生领域的只占23.15%。部分省市的情况与全国范围内的情况基本上一致，均表明政府卫生投入存在重医疗服务、轻公共卫生的问题。

　　从城乡分布来看，2004年城市卫生费用占卫生总费用的65.1%，农村占34.9%。在全国财政用于卫生、中医医疗机构的支出中，用于城市医疗机构的占78.74%，用于农村医疗机构的只占21.26%。由于对农村卫生投入不足，部分乡镇卫生院缺乏基本医疗服务器材，难以给老百姓提供医疗卫生服务。

　　政府卫生投入方式不合理，重供方，轻需方。

　　由于公立医疗服务体系过于庞大，同时在一段时间内对困难群体的基本医疗保障缺乏制度安排，政府卫生投入更多地投向了供方即医疗卫生机构。另外，允许医院收取药品加成费用的以药补医政策，还使医疗机构从保险费用和个人付费等社会其他资金中取得较多收入，而政府直接对需方的补助却很少。尽管近年来各地加大了对新型农村合作医疗和城乡医疗救助的投入力度，但与对供方的投入相比，仍相距甚远。

　　政府卫生投入过多地投向供方，对医疗机构进行改造建设和购置设备，并不能从根本上解决人民群众看病难、看病贵问题。一方面，补助医疗服务供方不能使最迫切需要救助的困难患者得到及时有效救治，无法缓解他们面临的看病难问题；另一方面，医疗条件的改善增加了医疗成本，新型医疗设备的引进会进一步诱使医疗机构对病人进行过度检查，抬高了患者获得医疗服务的门槛，增加了患者的医药费负担，降低了医疗服务对低收入群体的可及性。

　　同时，在对公共卫生机构的投入方面，多年来一直沿用“养人养机构”的投入方式，根据机构数量和人员规模核定补助，导致机构越来越庞大，冗员越来越多，政府投入效率不高，而按照其提供服务的数量来核定补助，由于缺乏有效的监管和费用控制，又刺激了过度服务，造成医疗费用上涨。

　　卫生资源分布城乡差距和地区差距较为显著。

　　我国的卫生资源长期以来呈“倒三角”状态，城市资源过度集中，农村地区相对短缺。我国卫生资源的80%集中在城市，20%在农村。在城市中，80%的卫生资源又集中在大医院，农村和城市社区卫生服务能力十分薄弱。

　　“十五”期间，受我国城市化进程加速、农村撤乡并镇、农民工规模扩大等因素的影响，城市大型医院继续快速发展，800张床位以上医院从149家增加到284家。而乡镇卫生院个数、床位、卫生人员数、门诊量均在减少，其中床位同期减少5.7万张，门诊量减少1.4亿人次。从卫生总费用的分布上看，2004年城市卫生费用占卫生总费用的65.1%，农村占34.9%。

　　基层卫生服务体系不健全，存量资源利用效率较低。

　　近年来，政府大力推进城市社区卫生服务、加强农村卫生服务体系建设和开展新型农村合作医疗试点工作，但城市社区卫生机构、农村乡镇卫生院仍相当薄弱，在人员素质、房屋设备、服务模式等方面达不到相应服务标准，难以发挥基层卫生服务机构的功能，城市社区卫生机构和农村乡镇卫生院尚未与上级医疗卫生机构形成有效的双向转诊和合作机制。目前，城市社区卫生机构本科及以上学历的医师仅占25%，平均每个机构拥有13.6种设备，业务用房平均为1200平方米。农村乡镇卫生院大专以上人员仅占17%，全科医生的数量严重不足。

　　由于基层卫生服务体系不健全和公立医院改制推进不够，再加上自我医疗水平的提高等客观因素，我国存量卫生资源的利用效率日趋下降。2005年与1980年相比，全国医疗机构门、急诊总量从25.5亿人次下降到23亿人次。乡镇卫生院和社区卫生机构由于缺乏病人，资源利用显著不足；在大中城市，由于三级医院吸引了大量病人，一、二级医院就诊人数偏少，资源闲置、生存困难；在大中型医院，由于大型仪器设备无序添置，资源利用效率不高。

　　医疗机构所有制结构单一，多元办医格局尚未形成。

　　目前，我国绝大部分医疗机构均为国家所有，多元化投资、多渠道办医的格局尚未形成。尽管国家明确鼓励民营资本进入医疗领域，但由于目前国家对民营医疗机构发展的配套政策和措施还不健全，民营医疗机构难以享有公平的待遇，在很大程度上限制了民营医疗机构的发展。从当前的情况看，民营医疗机构在发展中遇到的困难主要表现在以下几个方面：

　　一是民营资本进入困难。各级政府都大力支持民营医院发展，但由于在土地使用、税收、准入、人事、社保等方面政策不明确和相互间缺乏有效衔接，以及存在人为设置障碍等原因，民营资本进入医疗市场仍较为困难。

　　二是民营医疗机构社会认同度低。由于民营医疗机构建立时间短，以及部分民营医疗机构存在的虚假广告、诱导需求等违规经营现象，使社会对民营医疗机构的总体认同度较低，经营状况不佳。即使在卫生行业内部，医护人员也不认同民营医疗机构，难以接受进入民营医疗机构时个人身份的转变，以及社会和学术地位的降低，因此民营医疗机构引进人才和留住人才较难。

　　三是民营医疗机构缺乏有效监管。政府加强监管、清除违规行为是扶持民营医疗机构健康发展的重要措施，但目前对民营医疗机构的监管仍有待加强。在绝大多数地区，政府加强了对民营医疗机构的准入管理，但缺乏对其服务质量、服务水平、收费、财务、技术准入和治疗结果等的监管，缺乏对机构的合理评估和信息公布。