实行理事会领导下的院长负责制。第一届理事会由合作三方各出两名理事，另外向学术界、金融界聘请1~3名独立理事。首届理事会理事长由中科院推荐，两名副理事长分别由广东省和广州市推荐。

　　与以往的研究院所不同，该研究院的院长不是由上级部门委派，而是向国内外公开招聘生物医药领域具有世界一流水平并有管理经验的专家担任院长，课题组长也是公开招聘一流专家来担任，开展具有国内领先、国际先进水平的课题研究。

　　同时与广东省内的高校、科研机构和企业研发中心合作，以研究院为龙头，整合广东省、广州市各类优势科技资源。

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