生态工程即打造生态安徽。总体目标是：不断增强安徽可持续发展能力，经济结构调整取得显著成效，人口总量得到有效控制，生态环境明显改善，资源合理利用率显著提高，成为人民生活富裕、生态环境良好、人居环境优美舒适、经济发展步入良性循环、社会文明进步的可持续发展省份。其分为三个阶段：
起步阶段（2003年—2007年）。初步建成生态环保效益型经济基本框架和生态省建设科技支撑体系。经济结构战略性调整取得明显成效，生态经济的服务网络和科技支撑体系初步形成，形成若干优势明显的生态产业；提高公众的生态环境意识，人为因素造成的生态环境破坏趋势得到有效遏制，基本控制淮河、巢湖、江淮分水岭等地区的环境污染和生态恶化问题；完善政策法规，建立生态省建设良性决策机制。
全面建设阶段（2008年—2015年）。
树立以绿色资源、生态产业群、生态城镇群为主要特征的生态安徽品牌形象。形成基本协调发展生态经济体系，可持续的利用资源保障体系，自然和谐、舒适优美的城乡生态环境体系，文明健康的生态文化体系，保障有力的决策、管理、科技支撑五大生态建设体系框架。建成一批重大生态经济建设工程，生态环境质量明显提高，社会福利和公益设施基本完善。
提高完善阶段（2016年—2020年）。
全面形成以生态经济为标志、高新技术为支撑的生态强省形象，五大体系建设趋于完善。生态环境质量处于全国前列，全省生态文化氛围已经形成，政府生态环境与发展综合决策机制基本建立。全省经济社会与人口、资源、环境协调发展。
