猜测一：伊斯兰祈祷团？
虽然目前尚不能完全肯定此次爆炸就是恐怖袭击，但是自从去年造成202人死亡的巴厘大爆炸之后，国际社会以及印尼政府都多次发出警告，提醒百姓更多的恐怖袭击可能还在后头，而且，制造恐怖袭击最有可能的就是印尼最大的伊斯兰极端组织伊斯兰祈祷团，该组织涉嫌制造了巴厘大爆炸，而目前，该组织的领导人阿布·巴卡尔·贝希尔以及几十名与该组织有联系的恐怖嫌疑分子都因为涉嫌巴厘大爆炸而被捕。警方怀疑以及舆论猜测此次爆炸与伊斯兰祈祷团有关是不无道理的，因为两天后，巴厘大爆炸的第一位受审嫌疑犯阿莫罗兹将接受宣判。如果罪名成立，他将面临死刑判决。为此，恐怖分子很有可能以制造一起恐怖爆炸事件来表示对政府的狂妄对抗。据澳新社消息，澳大利亚外长唐纳表示，这起爆炸袭击可能与法庭将于星期四对巴厘岛爆炸案嫌犯阿姆鲁兹·本·努尔汗希姆进行宣判有关。唐纳则说：“这一次袭击可能仍然是伊斯兰祈祷团发动的。不过在目前这个阶段这只是纯粹的猜测而已。”
猜测二：亚齐自由运动？
不过，印尼警方也表示，涉嫌此次爆炸的恐怖分子也有可能是自由亚齐运动组织的成员，该组织因为要求独立的主张遭到中央政府的拒绝，而其反政府武装力量又遭到政府军的重创，因此对中央政府怀恨在心。2000年9月雅加达股票交易所大厦的爆炸案与今年4月24日的雅加达国际机场快餐店和联合国办事处附近发生的爆炸案均是该组织成员所为。
猜测三：激进的大学生？
另外，印尼舆论也认为，最新政局动荡也有可能与这一爆炸事件有关，况且在过去，无论是在苏哈托时代还是在瓦希德执政时期，激进的大学生为了发泄对政府的不满而制造暴力破坏事件是经常发生的，尤其值得注意的是，就在爆炸发生前一天，数以万计的大学生聚集在印尼最高立法机构人民协商（人协）大厦前，举行声势浩大的示威游行，向正在开会的人协抗议政府腐败并且要求梅嘉瓦蒂总统立即辞职。
