粤港合作联席会议下设若干专责小组，对各专题合作项目负责研究、跟进、落实。为加强粤港合作的前瞻性和科学性，双方增设了“粤港发展策略协调小组”，就粤港经贸发展的广泛领域分课题进行合作研究，其成果经联络办公室协调衔接后提交联席会议讨论决策。
同时，双方还将建立民间合作研讨机制，成立两地企业、行业和商会之间进行经常性研讨的机构，为粤港经贸合作搭建互动平台。两地企业、行业和商会可不定期举办各种研讨会、展览会、信息交流会，建立信息网络，配合政府推动两地经贸合作多层次、全方位发展。
提升“前店后厂”合作水平
在会议上，双方就粤港合作的总体思路达成了共识，按照“前瞻性、全局性、务实性、互利性”的指导原则，在CEPA框架下，抓住机遇，优势互补，加强合作，在今后的10至20年内，努力将包括广东、香港在内的“大珠三角”建设成为世界上最具活力的经济中心之一，广东要发展成为世界上最重要的制造业基地之一，香港要发展成为世界上最重要的以现代物流业和金融业为主的服务业中心之一，实现双赢。
为实现上述目标，粤港双方一致认为要进一步促进优势互补，推进两地资源的更充分整合，提升粤港“前店后厂”的合作水平。把广东的制造业、技术、市场、劳动力、资源优势，与香港的国际商贸、金融、管理、人才等优势结合起来，促进香港作为商贸物流平台与广东作为世界制造业基地的整合，共同营造大珠三角制造业和服务业并举的格局，提高整体国际竞争力，实现共同繁荣和发展。
会议的重要议题是双方围绕《内地与香港关于建立更紧密经贸关系的安排》，以务实的态度，商讨并同意了近期将重点加强的十二个方面的合作。
