代表北京官方反应的大陆媒体声称，周四（11月27日）通过的公投法对于台湾“总统”陈水扁来说是一个沉重的打击。陈一直以来都在努力争取2008年在台湾进行“公投制宪”，以此削弱台湾和大陆的关系。

　　但是尽管撤除了“统独公投”条例，该法案的通过仍然首次明确了台湾民众进行“公投”的权利。

　　分析家认为，后来“公投法”在内容上的变更将在一定程度上缓和大陆方面的忧虑，但是即使是面临着北京的这种反应，台北方面还是在周五强硬地通过了“公投法案”。

　　“我们迫切希望北京方面放弃最近以来不必要的干涉，我们认为这样能对我们的民主进程带来积极的帮助。”台湾陆委会副主席陈明通说。

　　陆委会主席蔡英文在周三（11月26日）同样呼吁北京，“台海地区的和平不能仅仅依靠台湾单方面的努力。大陆方面必须承认我们在民主化上的努力并且理解我们台湾民众的意愿，这样才能稳固和促进两岸的交流。”

　　而连战，主要的反对党———国民党的主席，也认为这一法案的通过是全体台湾人民的胜利。当地的主流媒体《中国时报》对此表示欢呼，认为这是台湾民主的胜利。“这是自从‘宪法’被采用后56年来，首次通过立法形式赋予民众‘公投’的权利。”