12月11日，陈水扁正式提名吕秀莲为副手参加明年3月的台湾“总统”大选。吕在民进党内部是一个颇具争议的人物，她之所以能够如愿以偿，主要依靠民进党内部派系福利国连线及美丽岛等“保后党”的支持。民进党成立前，就因路线之争形成不同的阵营与势力。成立后，民进党内各种势力不断进行分化与组合，形成目前的若干派系。美丽岛派系

　　美丽岛系是由美丽岛杂志社主要人物组成的派系，属于民进党资格最老的派系，曾一度是民进党内部势力最强大的派系，早期称美丽岛连线。该派系主要代表有许信良、陈忠信、陈胜宏、张俊宏、邱议莹等人。2000年台“总统”选举期间，美丽岛系领袖人物许信良因无法获得党内提名参选“总统”而退出民进党，这对美丽岛系是致命一击。后来，另一领袖张俊宏则另组“新世纪办公室”，美丽岛系走向衰亡。美丽岛系的消亡，标志着民进党内部一支重要的温和派势力的消失，也标志着美丽岛时代民进党第一代政治人物逐渐退出历史舞台。新潮流系

　　新潮流系被认为是目前民进党内最大的派系。其成员主要来自过去党外杂志编辑、作家群等“党外新生代”与从事社会运动的基层党工。新潮流系号称它有三面大旗：台湾“独立”、群众路线、社会民主主义。可见，坚持“台独”是新潮流系最根本的理念，属党内激进派，也是“台独”教义基本派。该派系组织化程度高，纪律严明，凝聚力强。最高决策机构原是9人小组，后改为由15名委员组成的“政协”。“政协”由派系大会选举产生，设召集人一人。新潮流在各县市设有分支机构，是民进党内唯一在全岛有分支机构的派系。每3个月举行一次派系代表大会，每周举行一次“政协会议”，每年举行一次“政协选举”。对加入派系有严格规定，必须经过一系列严密的观察、考核及审查程序。一般是由两名干部推荐，再由地方区会送交“政协”讨论，主要是考核他们对“台独”立场、群众路线与社会民主主义的了解。

　　在民进党成立时，新潮流系力量不大，不在权力核心之中，从没有一人进入民进党中常委。但由于其成员多为知识分子的中生代，在各项公职选举中不断获胜，在民进党内的地位迅速上升，在中常委的席次由零开始不断增加，到1991年时已增加为3人，与当时最大的美丽岛系只差一席。在31名中执委中，新潮流及其支持者达到17席，美丽岛系为14席。在11名中常委中，新潮流得到7席，美丽岛系只有4席，新潮流逐渐成为民进党内最大的派系。“台独”联盟

　　“台独”联盟属激进的基本教义派，大多数成员曾是国民党通缉的海外“台独”黑名单人物。1992年开始，“台独”联盟主要成员如郭倍宏、王康陆、陈昭南、李应元、蔡同荣、陈唐山、黄昭堂等加入民进党，并成为民进党内一个重要派系。民进党的“台独”性格也进一步增强。目前负责人为李应元，其他主要代表有彭明敏、林国华、许世楷、黄昭堂等。由于其主张与新潮流系基本一致，在许多重大问题上特别是“台独”理念上保持一致，对未来民进党的走向有重要影响。正义连线

　　正义连线是陈水扁主导创建的重要派系，也是目前陈水扁的“嫡系”部队，属“务实台独派”。在1990年底第二届“国大代表”选举中，陈水扁与一批“选举议会路线为主争取执政优先于台湾独立”的理念相同者组成了正义连线竞选团队，共同参与选举。1992年1月10日，陈水扁结合当选的“立法委员”与“国大代表”正式成立正义连线组织，以公共政策为问政首要取向。该派系规定，由会员选举15名执行委员组成执委会，设有会长与秘书长，每月召开一次例行会议。

　　正义连线大搞民粹主义，这与陈水扁本身善于包装与造势的性格相当一致。陈水扁提出“统合论”后，其他派系表示了不同看法，而正义连线公开支持。陈水扁执政以来，许多决策不仅受到在野党的反对与制衡，而且常受到党内派系的掣肘，因此开始更加注意发展正义连线的力量，进一步培养自己的班底。在上次“立法院”与县市长党内提名与初选中，陈水扁逐渐改变对本派系支持不够卖力的作法，开始用“总统”权力化解本派系内部的矛盾，争取更多的选举提名，使正义连线在“立法委员”党内初选中的表现仅次于新潮流系。福利国连线

　　就在陈水扁结合党内中间派成立正义连线不久，被称为民进党内“三剑客”之一的谢长廷开始筹组属于自己的势力与政治结盟。在1992年“立法院”选举中，谢长廷、施明德等人成立“台湾福利国战线”（后改为“福利国连线”），作为一个选举结盟，以集体的力量参与选举，结果9人当选。后来又一度在“立法院”民进党内成为仅次于美丽岛系、超过新潮流系的大派系。福利国连线的最高权力机关为会员大会，由会员大会选举出决策委员作为派系的执行机关。决策委员会下设总召集人、干事长、副干事长、财务长等。该派系内部凝聚力与整合力较强，是一个以理念加利益为其整合基础的联盟。在政治主张上，属民进党内温和型台独派。其口号是“创造福利国，重建新台湾”。派系与权力

　　在目前民进党内权力结构分配中，基本上由正义连线，新潮流与福利国连线所掌控，其他派系未能进入权力核心体系。三大派系在党内与政府系统的核心权力不相上下，各有优势，这是民进党派系共治与妥协的结果。尽管新潮流是民进党内的最大派系，但陈水扁领导的正义连线与谢长廷领导的福利国连线的斗争则是党内斗争的主轴，因为在未来几年台湾政治舞台上，民进党可以充当台湾政治“领袖人物”的非这两人莫属，其他派系领袖尚不具实力。

　　正义连线、福利国连线、“台独”联盟在“立法院”成立“主流联盟”。民进党内部存在派系矛盾与斗争，但在“台湾独立”的基本目标追求上是一致的，在对付政坛政敌目标上是一致的，这是维系民进党生存与发展的条件。