基础研究和应用研究的关系。哲学社会科学基础研究是一项艰苦的复杂劳动，其发展有赖于学科的长期积累，成果的价值需要较长时间才能充分显现，收益也不及一些应用对策研究那么直接。我们要深刻认识基础研究的战略重要性。认识不提高，当然动力也就不足。同时，要正确处理基础研究与应用对策研究的关系，不断提高基础理论研究的应用价值。坚持理论与实际相结合，以应用对策研究促进基础研究，以基础研究带动应用对策研究。《意见》着眼于新的实践和新的发展，既重视研究发展着的中国化的马克思主义，又没有忽视研究传统的马克思主义基本理论。马克思主义是源头，后来的发展是活水，没有源头，就没有活水。近几年大家重视现实问题研究，基础理论研究有点弱化，很显然，根据当前改革和发展的新形势加强现实问题的研究是很必要的。但是，如果不加强研究基础理论，现实问题研究就没有后劲，没有根基。

　　调查与研究、调查研究与学术讨论的关系。我们搞一个课题，要通过一些手段去获取感性材料，但还有个去粗取精、去伪存真的分析研究过程。如果仅仅把材料拿过来一汇集就出了成果，这种成果往往显得庞杂和粗浅。还有调查研究和学术会议的关系。开会有很大的好处，调研形成了观点才能拿到学术会议上去，通过会议可以比较、提炼各种不同的观点，相互切磋、取长补短，对事物的认识就可能更有深度、更有新意。

　　坚持“二为”方向、“双百”方针与坚持以马克思主义为指导的关系。“双百”方针是促进艺术发展和科学进步的方针。在“双百”方针中，马克思主义具有指导地位。“双百”方针必须服从和服务于“二为”方向，坚持为人民服务、为社会主义服务，否则就失去了灵魂和正确方向。科研是一种特殊劳动，要鼓励百花齐放、百家争鸣。

　　政治观点与学术观点的关系。政治观点与学术观点有时候很难分清，这个问题可否分成以下几个层次：第一个层次，讲政治观点的，从内容上根本就不属于学术行为，我们理所当然地要反对。第二个层次，是学术行为，讲学术观点，但是有政治错误。这可以通过批评、帮助来解决。第三个层次，是学术行为，并没有什么政治错误，但在理论上有错误。这种情况多一点，这些问题可以提出来讨论。第四个层次，是纯学术问题，在某一个问题上他有自己的看法。这是应当提倡和鼓励的。只要不是政治行为，不是明显的政治错误，就不要批评指责，而要鼓励，这样才能出成果。

　　内部研讨和公开宣传的关系。中央要求:研究无禁区，宣传有纪律。学术活动要提倡自由研讨，特别是内部研究，不能划框框、划禁区。但宣传应该和党中央的精神保持高度一致，不要使社会无所适从，不要把舆论搞乱。这一点很重要。许卡佳