审计署组织对全国17个省（区、市）50个县（市、区）基础教育资金进行审计调查后，教育部及相关的各级地方政府高度重视审计查出问题，迅速采取措施，积极整改。
财政部、教育部以审计调查反映的问题为切入点，结合教育系统的现状，在审计调查期间就联合下发了《关于严禁截留和挪用学校收费收入加强学校收费资金管理的通知》，教育部还以内部明电的形式下发了《关于进一步规范学校收费行为，加强资金管理的紧急通知》，进一步完善了基础教育经费管理的政策、法规。各省（区、市）有关部门及时转发，并采取具体措施予以落实，堵塞管理漏洞。近期，财政部、教育部还赴相关县（市）就审计调查发现的问题进行了调研，研究解决办法。
广东省纪委针对化州市挤占、挪用教育资金问题进行检查落实后，茂名及化州市委市政府为严肃党纪政纪，对负有责任的领导和相关人员进行了严肃处理，共有10人受到党纪、政纪处分，其中：对原化州市委分管教育工作的常委和市政府分管教育的副市长均给予党内严重警告处分，教育局长被撤销党内外一切职务，教育局副局长等5人受到不同程度的党纪政纪处分，另有2人被依法追究刑事责任。为保证教育局工作的正常运转，化州市委还决定由市政府分管教育的副市长兼任教育局局长，新任命2名同志担任副局长，充实教育局领导力量。同时，化州市委市政府还成立了专门的领导小组，对集体私分的教育经费进行全面清退，上缴国库，至目前为止，已有80%款项清退完毕，其余款项正在清理中。化州市委、市政府还举一反三，对全市教育系统的问题进行自查自纠和整改。一是派出4个检查组，分赴全市各镇中学、中心学校和市直属学校，对各级学校的收费及财务管理进行专项检查，发现问题，及时纠正。二是加强法制教育和专业培训，提高教育系统人员依法理财水平，化州市政府组织召开了3次教育系统财务人员培训班，除学习相关政策法规和专业知识外，还对系统内财务人员进行重新考核，对不合格者全部进行调整，以提高财务人员的政治素质和业务水平。此外，化州市教育局还建立完善了各项规章制度，先后下发《化州市教育系统党风廉政建设责任制工作计划》、《化州市教育系统党风廉政建设责任制实施方案》等5个文件，制定了《化州市教育局领导干部党风廉政建设岗位职责》等25项规章制度。
广东省湛江市高度重视吴川市教育主管部门一年半时间“吃”“分”教育经费600多万元的问题，对有关责任人进行了严肃处理。吴川市教育局局长已被撤职，原分管教育工作的副市长，市委常委、宣传部部长也受到了相应处分。为严肃财经纪律，规范管理，近日，湛江市政府要求市审计局对全市的教育经费使用情况进行全面审计。市审计局已抽调131人组成31个审计组，对湛江所有县（区）财政局、教育主管部门及部分中小学进行审计。
