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新形势下的环境保护工作十分繁重，依法行政强化监管是当前环保部门的重要工作。多年来吉林省环保局坚持以环境执法为工作主线，在2000年机构改革以来成立了专门的法制机构，从规范执法和强化执法手段两方面入手，全面推进环境管理工作，使省环保局的环境执法水平上了一个新台阶。
在规范执法上首先从完善制度上着手，打铁还要自身硬，要抓好全系统的执法工作，首先就要搞好自身的队伍建设，为进一步理顺省环保局内部的工作关系，在2001年制定了《吉林省环保局行政执法工作责任制》和《行政处罚工作程序》，在省环保局内部对执法工作进行了详细的分工，明确了各处室的工作职责，使责任落实到实处，同时要求各处室要在详细分工的基础之上搞好协作，在执法工作中形成合力，齐抓共管，有效的提高执法的效率。
为能更好地开展执法工作，省环保局还从建立健全内部监督制约机制上着手，于2003年成立了环境违法案件审查委员会。委员会由调查、处罚、审核等各相关职能处室组成，对局内拟处罚的案件，进行集体审核把关，全部都由政策法规处审核后报环境违法案件审查委员会审议，充分的听取各方面的意见，按委员会的决议执行，使执法能做到公平、公正、公开。
为全面推进依法行政，省环保局还对行政审批和行政许可项目及主体进行了清理。针对行政审批共清理了文件35件，其中地方性法规3件，规章4件，其他文件28件（其中3件废止）。行政许可项目清理了26件，并提出清理意见。在清理工作中受到了吉林省政府法制办等部门的多项表彰。
在执法工作中自觉接受司法和社会监督。在对这些企业进行处罚的时候，在对法律的认知的同时，企业有时和执法机关难免有分歧，局里就企业认识上的偏差，利用听证等手段对其进行宣讲，力争大家在思想上取得共识。但也有争议的时候，2002年省交通建设集团就省环保局对其处罚一案提起了行政诉讼，省环保局也多方收集资料，积极应诉，赢得了这次的诉讼，有力的维护了法律的权威性。
为维护法律的严肃性，也为使处罚能真正地起到效果，省环保局加强了和法院的沟通，对那些无故拒不缴纳罚款的单位提起了强制执行申请，动用司法强制手段促其履行义务，通过和司法机关的积极配合，企业都充分地认识到了自身所犯的错误，缴纳了罚款，履行了自己应尽的义务。
目前全省在规范执法和加强监管方面都有了长足的进步，取得了阶段性的效果，但还有一些问题需要解决，现在执法中常遇到的地方保护行政干扰的问题就亟待解决，各方面的工作还要不断的努力，不断的创新，改进工作中的不足之处，力争使环境保护工作能不断地深入。
