《意见》回应了新形势、新情况对大学生思想政治教育的挑战。大学生成长在对外开放不断扩大、社会主义市场经济深入发展、以互联网和手机通信为代表的现代传媒手段蓬勃兴起的时期，具有了较宽广的国际视野，但很多人对其中错误、腐朽的东西缺乏正确辨别的能力。《意见》深刻分析了国内外形势的新变化、新特点，指出了这些变化、特点对大学生思想状况积极和负面的影响，并具体指出了在我们工作中存在的与新形势、新情况不相适应的多方面的薄弱环节。这就进一步明确了工作的方向和重点，提高了工作的主动性。
为现阶段大学生思想政治教育提出了明确的纲领。《意见》提出了加强和改进大学生思想政治教育的指导思想，表明了理论前提、思想路线、教育方针，指出了教育的核心、重点、基础和目标，并提出了“一个坚持”（坚持以人为本）、“三个贴近”（贴近实际、贴近生活、贴近学生）、“四个提高”（提高针对性、实效性和吸引力、感染力），明确了改进大学生思想政治教育的努力方向。成为在一个较长时期内搞好大学生思想政治教育鲜明而详尽的纲领。
为做好现阶段大学生思想政治教育工作提供了清晰的思路。《意见》要求充分发挥课堂教学在大学生思想政治教育中的主导作用，指明了工作的主要矛盾。大学培养人才首先在于教书育人，摆在人才培养首要位置的思想政治教育当然主要通过课堂教学来实现。在课堂教学的基础上，还要努力拓展其他有效的教育途径，特别提出了哲学社会科学课程负有思想政治教育职责。还指出高校的所有课程都具有育人功能，所有教师都负有育人职责。要把思想政治教育融入到大学生专业学习的各个环节，渗透到教学、科研和社会服务各个方面。
对搞好现阶段大学生思想政治教育提出了严格的要求。搞好大学生的思想政治教育，要通过全校师生员工共同努力，使教书育人、管理育人、服务育人以及学生的自我教育相互配合，相互协调。为此，《意见》对高校开展思想政治教育的领导体制和工作机制及各个方面、各个层次的工作都提出了明确的要求。
将现阶段大学生思想政治教育纳入了全社会思想政治工作的系统工程。《意见》把努力营造大学生思想政治教育工作的良好社会环境作为推进社会主义精神文明建设的重要任务，要求各级党委和政府充分认识加强和改进思想政治教育的重大意义，及时解决涉及大学生健康成长和切身利益的实际问题。号召全社会关心大学生的健康成长，支持大学生思想政治教育工作。与《关于进一步加强和改进未成年人思想道德建设的若干意见》相配套，很好地解决了中小学思想教育和大学思想教育之间的衔接问题，是在从未成年人到大学生的德育工作中坚持了以人为本、全面协调可持续的科学发展观。
