Win9X中的CONFIG.SYS、AUTOEXEC.BAT的作用与DOS的一样，用于装配所有DOS实模式的驱动程序和应用程序，或者修改IO.SYS的默认配置。其中，CONFIG.SYS主要用于硬件配置，AUTOEXEC.BAT主要用于软件配置，其在启动过程中的使用参见IO.SYS一节。
Win 9X启动后，这两个文件的配置作为全局设置始终保留在系统底层，决定着Win9X下所有的DOS、Win16应用环境。如果没有DOS全局设置，Windows窗口下的DOS应用程序将使用Win9X的默认设置，当然也可由用户单独配置。注意，DOS软件需要的PATH、SET等环境设置可在各自窗口的属性中单独设置；16位的Win3.X软件需要的PATH、SET等环境设置只能在AUTOEXEC.BAT中设置。
Win9X新增了不少配置命令，使实模式DOS环境更便于优化，各配置命令参见系统目录\Windows下的CONFIG.TXT说明，这里不再多说。Win9X通过VXD(虚拟设备驱动)、DLL(动态链接库)等保护模式驱动程序统一管理和使用系统软、硬件资源，基本上不需要实模式程序支持。实模式程序主要是为支持一些老设备而保留的。实模式程序的存在使Win9X必须在保护模式和实模式之间频繁地转换，大大降低了系统性能，更损害了系统稳定性，所以应尽量避免在启动时装载实模式程序。
Win9X对DOS环境的缺省设置能满足大多数DOS软件需要，在完成Win9X安装后试着删除这两个文件中的内容非常必要。删除其中的实模式程序，尽量实现Win9X的保护模式驱动，可使Win9X处于高性能、高稳定性的优化运行状态。
没有CONFIG.SYS、AUTOEXEC.BAT的DOS系统几乎一无所能，而没有它们的Win9X性能也许更好。在Win9X中它们主要是为支持原DOS软件和古老的设备而保留的。目前多数报章建议完全删除这两个文件，这其实很有问题，具体分析参见《电脑界·电脑高手》99年10月号。
