从历史上看，苏丹南北方在民族、宗教、文化和政治等方面存在的差异与矛盾先后导致两次内战爆发。
第一次内战：1955年，苏丹第一次内战爆发，1972年3月，苏丹政府与南方代表签订协议，持续17年的内战方告结束，南方实行自治。
第二次内战：1983年5月，因反对政府在全国实行伊斯兰法，以约翰·加朗为首的一些南方官兵发动兵变，成立了“苏丹人民解放军”，开始反政府武装活动，从而引发了苏丹引发了迄今未止的第二次内战。这也是非洲大陆持续时间最长的内战之一，迄今已造成200多万人丧生，400万人流离失所。长期的武装冲突和政治动乱使苏丹经济遭受沉重打击，成为世界上最贫穷的国家之一。
停火斡旋：经过肯尼亚等国的斡旋，双方于2002年签署停火协议。2003年9月，苏丹政府和加朗集团就未来6年过渡时期内的军事安排达成协议。2004年1月，双方又在财富分配问题上达成协议。随后，谈判一直围绕国家权力分配以及3个有争议地区的未来地位等问题进行。
2004年6月，苏丹副总统塔哈和反政府武装领导人加朗签署了《苏丹和平内罗毕宣言》，宣布和谈进入最后阶段。8月30日，苏丹政府与反政府武装达成协议，将停火时间延长3个月，为双方达成最终协议创造了良好条件。据新华社（来源：信息时报）
