陈水扁在对军队加强改革，安插自己的人马时，也在军队系统实施广泛的“去中国化”。
大陆地名总机走入历史
行之有年，以大陆地名作为代号的台湾军方人工总机，2005年元旦起将走入历史，全面改为数字代号。台湾“国防部”已正式告知“立委”办公室，自元旦起，“国防部”所属军中总机代号全数“去中国化”。民进党还呼吁“国防部”尽速将以大陆地名命名的拉法叶舰“正名”。
元月开始，台军部队中将不再出现代号江苏、上海、沈阳、高邮等大陆城市或地名的总机代号，改以区域代码取代，同时设立北、中、南、东“联合查号台”，让外界包括部队家属都能通过外线查询子弟服役单位的电话与总机专线等。
台军方人工总机一向以大陆地名作为代号，例如“国防部”是“江苏一号”，“后备司令部”承袭了“警备总部”的“合江”。军事发言人刘志坚表示，“国防部”已经裁撤了20部总机，用地名作代码已经不太适用，改用数字就很好区别。
军歌歌词也引起争议
台湾军队不久前还取消了传统的“呼口号”，改用“创意队呼”，对从抗日战争前接受德式训练便延续到现在的踢正步，现在也出现废除的声音。据了解，泛绿还想推动军队晚点名时停止唱《我爱中华》，因为歌词里的“文化悠久，物博地大，开国五千年，五族共一家”在独派人士眼里，实在有些刺眼。不过，要贯彻“去中国化”，不说别的，光是各军种军歌或官校校歌就算不完。台湾陆官校歌里有“怒潮澎湃，党旗飞舞”，海军军歌结尾是“乘长风破万里浪，为青天白日旗争光荣”，空军军歌则有“遨游昆仑上空，俯瞰太平洋滨，看五岳三江，雄关要塞”，海军官校则把郑和与郑成功视为海军始祖，高唱“海疆开拓，二郑皇皇”，这些歌词都会引起争议。好在11月的“立委”选举泛绿没有过半，所以泛绿要在军队推动“去中国化”，难度有所增加。
