吴瑞林认为，“摸着石头过河”是改革进程中一个非常重要的指导思想，这一思想与“不争论”一起解决了改革开放初、中期，如何顺利推进改革开放进程中出现的一系列问题。随着改革进程的推进，综合国力的增强，现在到了“画好图纸造桥过河”的阶段，从而使国企改革在统筹协调中与时俱进。
国企改革尽管取得了一定的成果，但出现的一些问题以及负面影响，恰恰说明还缺乏相应的总体规划与办法。可以概要地说，国企改革不动产权是空改；不改变体制、机制是白改；不规范改制是乱改。而国企改革中出现的问题，在一定程度上“乱改”现象比较严重。最要害的问题是国有资产有一定程度的流失，国有企业职工的权益没能得到很好的维护。那种由评估不实、内外勾结、压低报价等手段，使国有资产据为己有的“一夜暴富”的不正常现象，值得警醒与思考。
国企改革到了在理论上应当有所突破的时候了，应该在有一个总体规划及相关法律、法规的前提下，把职工的意见充分收集起来，经过科学论证，作出决策。对国企改革的战略性结构及布局调整，应该明确国有资产分布在哪些领域和地区，有总的把握。
吴瑞林认为，在涉及到国家、民族安全的核心、要害领域，以及需要公共财政贴钱、涉及到老百姓切身利益的公共服务领域，要继续坚持国有独资；在涉及到国民经济支柱和命脉的重要领域，要坚持国有控股；在所有其他领域，国有资本、外资、民资要平等对待。国有资本只能待在贴钱领域，而不能进入赚钱领域，有失公平，是一种新的市场准入歧视。
纵观国企改革的历程，吴瑞林归纳为四种情形：一是明白人指导明白人；二是明白人指导不明白人；三是不明白人指导明白人；四是不明白人指导不明白人。他说，国企改革应力求前两种情形，才能在国企改革的“深水区”内劈波斩浪，比较顺利地到达“彼岸”，否则只能在“深水区”内瞎扑腾。
